2022年推文整理 | 小杜的生信笔记

原文链接：2022年我们做了什么？留下什么？ | 推文汇总

前言

距离2022年还剩下那么几天了，时间过得是那么的快，2022年不知道自己在做了什么，很多目标都没实现，很多时间都是浪费了。除此之外，钱是花费了不少， 进账的没有[泪目呀!]。

自己记录自己的学习笔记，刚好是一整年（2021年11月底开始），最开始的时候是知乎开始分享，随后在B站，公众号等平台进行分享。从开始到现在，所有的“粉丝”都是自由流量关注的。你我认识都是一份缘分，自己的时间、能力和精力有限，不能时刻有精力、能力和时间回答你的问题。

决定再三，创建了微信社群（12月份建立微信社群），这群里的同学很多都是大佬级别，能力很强，也感谢我们这里面的老师，同学的帮助，才使得我们的社群变得有意义。

如何加入我们的社群！！<点击链接>

R语言精美图形绘制教程

请前往链接即可，

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跟着Nature Communications绘制eQTL相关图

跟着Nature Communications绘制eQTL相关图 | 二

R语言绘图教程

1. 如何为热图添加指定的基因标记？

2. 热图添加指定的基因标记

3. pheatmap包绘制热图教程

4. Heatmap热图绘制教程 | 视频教程

5. GO、KEGG功能富集分析| 视频教程

6. GO、KEGG功能富集网络图绘制 | 视频教程

7. ClusterProfiler包进行KEGG富集报错

8. 模式植物或无参基因比对 | GO背景基因文件制作 | 文本文档

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10. 桑基图（SanKey） | 教程

11. 3D主成分分析（PCA) | 图形绘制 | 教程（代码重新）

12. NCBI中下载作物参考基因组（文档版）

13. 好看的堆积图 | 你值得拥有 |教程

14. R语言绘制漂亮截断图教程 | 代码重复

15. 截断图绘制教程小例子

16. R-ggplot2-如何绘制对称条形图并添加旋转标签？

17. (组)间相关性分析 | 皮尔森相关关系 | 斯皮尔曼相关关系

18. 基于R 语言绘制柱状图教程混合整理

19. Rstudio代码格式错乱怎么办？？？

20. 单基因GSEA富集分析

21. 基因密度图代码和数据

22. 柱状图显著性字母标记 | 由数据到图形

23. 在知乎中整理的以前的教程的码，合并在一个文档中，方便寻找，后续持续优化

24. 跟着Nature Plants做WGCNA数据分析 | 与我们的前面的分析使用

25. 基于R语言绘制VennPlot图 | 可以绘制大于等于7个类别的码

26. 一条命令更新所有R包

Python数据分析教程

1. Nature Methods | python求数据均值和标准差

2. Python | 樱花图绘制教程

3. Python | JSON格式转CSV格式

转录组数据分析教程

1. NCBI中下载作物参考基因组 | Scholarscope文献管理小插件

2. 转录组上游分析教程系列 | 从NCBI下载SRA数据

3. 中国自己的CNCB数据库数据上传教程 | 全

4. RNA-seq Work Flow

5. 数据质控

6. 基因组多序列比对

7. minimap2序列比对(pfar包可视化)

8. 一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化 | 收藏教程

9. 利用gff文件提取序列

10. conda的使用！！感觉会又感觉 不会.........

11. 加权基因共表达网络分析 (WGCNA）| 共表达网络模块构建 |生物信息

12. 加权基因共表达分析（WGCNA）| 教程

13. WGCNA中模块基因输出cytoscape节点信息文件| 构建模块讨论代码讨论

14. Windows中安装linux子系统（Ubuntu）-使用Xshell连接

15. SCI论文写作必备神器 | EndNote

16. --

17. 生物信息学入门实践 | （一）Introduction

18. 生物信息学入门实践 | 二、linux命令

19. 生物信息学入门实践 | 二、Linux命令-文本操作

20. 生物信息学入门实践 | 二、Linux命令-环境变量

差异分析教程

1. 差异分析 | DESeq2

2. R语言差异分析 | limma包

3. 差异分析 | edgeR包

4. 不同差异方法比较 | 结果是否具有一致性

其他内容

1. 文献分享 | 长链非编码RNAs(lncRNAs)分析流程 | 转录组分析流程

2. 文献摘要解读 | 华中农业大学揭示CsKCS20参与柑橘果实蜡质特异性组

3. 使用Hexo搭建个人博客网址 | 学习笔记（一）

4. 使用Hexo搭建个人博客网址 | 学习笔记（二）

日常吐槽教程

1. MarkDown学习笔记 | Typora编辑器终于收费了！是否使用其他软件代替

2. 知乎中的播放阅读量达到小目标100W

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5. 羊毛薅不动了 | Typora

6. 现在的生活很“卷”啊。做科研的夫妻都这样“卷” 转：妻子写给老公的“Paper”😂😂

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9. 理发渡劫否

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11. 日！落！余！晖！

12. 朋友圈！

小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料！