论文
Evolutionary history and pan-genome dynamics of strawberry (Fragaria spp.)
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（schloarscope这个插件变成收费的插件了）
本地存储 草莓PNAS.pdf
今天的推文我们试着重复一下论文中的figure1C
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如何用R语言的ggplot2做我现在也有了思路，但是找资料的时候发现了一个python的现成的模块
github的主页是 https://github.com/MrTomRod/flower-plot
主页上写的是 A Python 3.9+ function that makes flower plots.,我电脑上安装的是3.8.3。我先试试能不能行
首先是安装
pip install git+https://github.com/MrTomRod/flower-plot.git
运行安装命令没有问题
接下来试试他的例子
遇到报错
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瞎猜是python版本的问题，我们换一个版本试试
新建一个虚拟环境
conda create -n flower_plot python=3.9
激活环境
conda activate flower_plot
安装flower_plot
pip install git+https://github.com/MrTomRod/flower-plot.git
这里遇到一个问题是虚拟环境里是python 3.9，如何在使用jupyter lab的时候调用这个虚拟环境还是用python3.9，这个还是没有搞定，只能换一个annconda是自带python3.9的了
用python3.9运行出了结果
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接下来我们用PNAS文章里草莓的数据试试
首先是构造数据
genome_to_data = {
'F. daltoniana': {'color': "#f63c50", 'shell': 6882, 'unique': 188},
'F. iinumae': {'color': "#ff8e54", 'shell': 5480, 'unique': 95},
'F. mandschurica': {'color': "#ffe087", 'shell': 5127, 'unique': 237},
'F. nilgerrensis': {'color': "#ffffbe", 'shell': 5527, 'unique': 179},
'F. pentaphylla': {'color': "#e1f594", 'shell': 3760, 'unique': 187},
'F. vesca': {'color': "#77d793", 'shell': 6973, 'unique': 158},
'F. viridis': {'color': "#0088bf", 'shell': 5995, 'unique': 213},
}
画图
import matplotlib.pyplot as plt
from flower_plot import flower_plot
flower_plot(genome_to_data=genome_to_data,
n_core=10665,
shell_color="#ebccea",
core_color="red",
alpha=1)
plt.tight_layout()
plt.savefig("1.pdf")
这个是最终的结果
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但是拉丁名怎么设置斜体，字体修改成新罗马暂时还没有找到参数设置，只能出图后手动编辑图片了
调整细节不如ggplot2好用，争取研究下ggplot2的实现代码
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