1398年，朱元璋逝世。由于太子朱标已去世，朱元璋遗命皇太孙朱允炆继位，年号建文，史称建文帝。

      建文帝担心分封在外的叔父们不受朝廷约束，遂着手削藩，在短短半年内削夺了周王等五个藩王的封号，分封在北京的燕王朱棣，次年举兵反叛朝廷。

      1402年，经过四年鏖战，朱棣成功的率领军队攻下了南京城，建文帝潜逃出宫，朱棣在南京继位。19年后，朱棣把都城迁到他的龙兴之地——北京。

      朱棣为啥迁都北京？

      一是能使篡夺皇位的副作用降到最小。南京的方孝孺一案，诛杀“十族”包括方孝孺的门生故吏黄子澄、练子宁等人，15世纪的南京城血腥、恐怖、疑惧。

      二是朱棣的现实考虑是加强北部边防，即所谓的“天子狩边”。

      那么，朱棣迁都北京的决心已下，为何却又要等到十余年后才正式签都呢？。

      一是要疏通运河。

        一旦决定迁都，面临的第一问题就是粮食怎么办。从唐宋以来，中国的经济重心已经南移，在经济上，北方要依赖于南方。朱棣把疏通会通河的任务交给了工部尚书宋礼，命平江伯陈瑄为总督漕运，宋礼和陈瑄使明朝的南北漕运通畅起来。漕运的通畅，沟通了南北之间的物质交流。

      二是要修建紫禁城。

      朱棣还要解决他在北京的宫殿问题。迁都北京，朱棣自然需要有符合皇帝身份的更高规格的宫殿建筑群。而朱棣要建造的北京紫禁城，其形制布局直接源自明南京和中都的宫城。

      永乐四年（1406年）起，紫禁城物料采办的工作开始，永乐15年（1417年），大规模的营建工作开始，永乐18年（1420年），北京宫殿群的建设工程基本竣工，永乐19年（1420年），正月初一，朱棣在奉天殿接受群臣朝贺。就在同一年的四月初八，刚刚完工不到一年的三大殿在一场火灾中化为灰烬。

      朱棣迁都北京的后果：

      一是形成了“两京制”。北京成为都城后，朱棣决定保留南京为陪都，从而形成了两京制度。明朝在南京保留了整套的中央机构，包括吏、户、礼、兵、刑、工六部及都察院、大理寺等机构。然而，没有帝王驻留的京城，终归是要衰落的，200多年间，南京只迎接过贪玩成性的武宗皇帝。因此，南京总是在一种崇高的名分与卑微的现实中与明王朝相始终。颓坏的宫殿，闲散的官员，嗜酒风流的秦淮河，以及在晚明被迫与临近的苏州、松江竞争文化中心地位的处境，形成了南京城在明朝200余年间有形的、无形的资产。

      二是“天子狩边”。迁都北京，可以说是明朝初年最大的体制改革，对于明帝国来说，最大的威胁不是西方和南方，也不是东面和南面的海洋，只有北方的蒙古才足可以成构成真正的军事威胁，需要大量屯兵的地方只是北方。以北京为都城，皇帝就能够牢牢掌握那些军队，甚至可以亲自统帅军队征战。

        然而，迁都北京固然加强了明朝的北部边防，但都城距离边境太近，也容易成为游牧的少数民族攻击的目标，终明一朝，北京多次暴露在蒙古及满洲等少数民族军队的直接攻击之下。

        迁都带来的问题影响，可能还包括朝廷对南方逐渐失去了兴趣，以及相应带来的航运事业的停止。