医妃难囚是一部穿越剧。讲的是一名医学院的女学生在七夕节七星连珠的那天晚上，手捧《宫帏秘闻》的时候，穿越到了一千多年以前的古代。她在古代的身份是丞相府的二小姐。
丞相府的大小姐和冥王有婚约的，但是冥王得了一个怪病肚子很大，怕命不久矣，丞相舍不得让大女儿陪葬，就让二女儿代姐姐出嫁。二小姐誓死不从，挂白绫自尽，结果被救，在晕晕乎乎的情况下，被送到了冥王府。冥王肚子大，不能拜堂，就用一只公鸡作替身和二小姐拜堂成亲。
现代医学院的学生穿越到了古代，那还不成了一代神医。她想到了逃出冥王府的办法，和冥王定下协议，如若她替冥王手术，如若手术成功，则她可以活着离开王府。说干就干，她成功了。冥王得以大病痊愈，王妃掏出协议，让王爷履约，可是王爷已爱上王妃，他把协议撕了。王妃心生一计，以死相逼，让王爷写休书。就在此时，宫中传来消息，太后召见。
王妃一路跟随公公来到皇宫，公公说要见她的是皇后。皇后是下毒高手，为了让自己的儿子能继承皇位，她再召见王妃的时候，在她的茶里下了蛊毒。胁迫王妃去毒杀冥王，也就是王位继承人。
王妃禀着自己是医生，只救人，不毒杀人的信念，迟迟不对冥王下毒。而自己因得不到解药而蛊毒发作，万虫撕咬，痛苦万分。冥王才得知皇后对王妃下毒之事。经过千难万险，冥王将王妃的蛊毒解除了。
皇后并不知道王妃已被解毒。她开始了第二步计划，将丞相府以二小姐代替大小姐与冥王成亲的事实散播出去，借太后之手将丞相，大小姐和二小姐都打入大牢。冥王要劫狱就王妃，被王妃制止。王妃献计，对皇后将计就计。不日，冥王府穿出消息，冥王因中毒而死。
皇后觉得时机成熟了，对皇上也下了蛊毒，胁迫皇上写遗诏：让她儿子继承皇位。皇上不答应，并将自己的贴身玉牌让人带给了镇守边关的皇弟。皇弟千里疾行，以给母亲祝寿的名义回宫，前来救驾。
皇弟和冥王联手将皇后打败。皇上重新执掌朝政。
此时王妃也爱上了王爷，皇上为他们按照太子的规格重新举办了盛大的婚礼。王妃向王爷坦白，自己并不是这个时代的人，是千年之后医学院的学生，但是她爱王爷，她愿意留在王爷身边和他一起慢慢变老。
