黄瓜苗期常见的生理性病害有烧根、沤根、徒长、出苗不齐、低温障碍、黄化苗等。
（1）烧苗
是由营养土中肥料浓度过大，施用不匀及用未腐熟有机肥而导致根系不能正常吸收水分引起。
症状：根尖呈黄褐色，严重时根及幼茎基部水渍状黄褐至褐色腐烂。病苗易拔起，在太阳下叶片萎蔫，后逐渐死亡。防治方法：营养土中必须使用充分腐熟发酵有机肥，含量以20%~30%为宜，且充分拌匀，切忌加入化肥。在肥害发生后适量喷清水，降低肥料浓度，减轻受害程度。
（2）沤根
是由低温、高湿引起，遇连续阴雨天、地温过低、土壤过湿易发生。
症状：病苗易拔起，无新根，根呈褐色水渍状至腐烂，地上部萎蔫，生长极慢，叶色逐渐变黄，严重时成片萎蔫死亡。防治方法：采用加温育苗技术，地温控制在13 C以上，适温条件下加强通风透光，降低苗床湿度，若湿度过大时，撒细干土降湿。
（3）徒长
是由高温、高湿、光照不足、密度太大、通风不良等原因引起。
症状：茎细长，叶色淡绿、叶片薄，组织柔软，易受冻害或倒伏，易发生日灼及猝倒病。
防治方法：选用透光性好的新薄膜育苗，加强温、湿度管理，适时进行通风透光，避免播种太密。后期及时拉大营养钵苗距。
（4）低温障碍
是黄瓜育苗中常见的问题，是因温度降至10℃以下或5℃以下时造成的生理机能障碍和冻害。症状：受害较轻时，子叶边缘或部分子叶褪绿，呈黄至白色。重时可导致部分子叶或真叶干枯萎蔫，甚至死亡。冻害发生时，子叶边缘或真叶上出现水渍状现象，甚至全株呈水渍状萎蔫倒伏、死亡。
防治方法：采用加温育苗技术的同时，加强夜间苗床小棚覆盖保温措施，低温天气时添加保温覆盖物。定植前进行常温炼苗，提高秧苗的适应性。长期低温天气后遇晴天，对苗床应局部遮阳，逐步升温，使黄瓜生理机能；缓慢恢复适应。
（5）出苗不齐
是由种子发育不整齐或营养土肥料浓度太高，长期低温，床土太湿而烂种或水分不足等多种因素所致。
症状：苗床缺株多，或因发芽势差，造成出苗时间不一-和瓜苗大小不一。
防治方法：合理配制营养土，加温育苗，催芽后播种，浇足底水。
（6）黄化苗
是因出苗期子叶顶土时光照不足所致，一般在雨雪低温天气加温育苗时较易出现。
症状：子叶呈黄或黄白色，使光合作用受阻，秧苗生长缓慢，子叶一旦黄化即不可逆转。
防治方法：遇特殊天气，黄瓜顶土时在苗床加挂白炽灯补光。用100瓦白炽灯挂于离苗床50~60厘米高处，每米一盏，即可有效防止黄化苗的出现。若在顶土出苗后，再加挂白炽灯，则无效。
