如何上传测序数据至CNGBdb数据库——以宏基因组测序数据为例

一、Aspera软件下载

  • 首先是CNGBdb网站：https://db.cngb.org/
    图一
  • 当然第一次用这个数据库需要先注册，注册成功后才能使用
  • 可以点击数据提交来上传相对应格式的数据

  • 最主要的一点是，如下图所示，当我们想要提交测序数据前，我们必须先依次提交项目，然后样本信息，最后才是实验测序数据，否则搞不成功，不信你自己看着办。


    图二

二、Aspera在本地如何上传数据

  • 需要用到dos系统

  1. Win+R打开


    图三

  2. 输入cmd（如图一所示）


    图四

  3. 找到安装Aspera软件的位置
    我的电脑安装在C:\Users\Maozhang He\AppData\Local\Programs\IBM\Aspera Connect\bin，可能每个人电脑位置不一样，但是windows系统应该差不多。

  4. 通过cd命令逐级进入到bin目录下

# 输入相应的命令（具体解释如图三）
ascp.exe -i D:\aspera_00448.key -P33001 -QT -k1 -l100m -d D:\temp\CNSA\sub000001 aspera_00448@183.239.175.39:/

如果是NCBI里上传数据，命令是
ascp.exe -i D:\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d D:\temp\CNSA\sub000002 subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/745043654_qq.com_jSgYtWdn

备注：

  • 钥匙key可以在网站直接下载
  • -P33001 -QT -k1 -l100m -d 这些参数是固定的

  • 我把要上传的数据，fq.gz结尾的，双端测序都新建了一个CNSA/sub000001的文件夹，后续如果还有其它项目的数据，就新建个sub000002的文件夹，以此类推


    图五
图六

  • 上传成功啦，相对来说还算快的


    图七

  • 另外如果想获得MD5校验码的可以参考如下方法

certutil -hashfile yourfilename MD5
# 举个例子
certutil -hashfile yourfilename MD5
# MD5 的 AdFeMg1_L1_1.fq.gz 哈希:
# 78c3f3c5fade7fd8771151cac1822c20   （这一串就是MD5校验码）
# CertUtil: -hashfile 命令成功完成。
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