基因在结构上,分为编码区和非编码区两部分。真核生物的编码区是不连续的,分为外显子和内含子,在转录过程中会修剪内含子,并拼合外显子来形成转录产物。在原核生物中,基因是连续的,也就是说无外显子和内含子之分。在实验过程中,我们会对基因的外显子或者是非编码区进行单独分析,那么这时候就需要能够准确的找到基因的不同区域的序列。
以绵羊的NPPC基因为例,利用NCBI网站查找其不同的结构区域。
一、利用NCBI查找NPPC基因
图中fasta为该基因的序列,点击可查看其序列。
二、查看基因不同结构区域
1.如果想查看该基因的不同结构区域的序列,可点击黄色框的genebank选项查看。
可分别查看其gene序列,不同转录本mRNA,以及CDS序列以及翻译后的蛋白序列。
2.点击蓝筐中的tools选项查看基因结构
点击tools选项中的sequence text view亦可查看基因结构
以上即为查找任一基因序列的步骤,如想设计基因全长或QPCR引物,推荐直接复制genebank中的序列,如若想扩增启动子或非编码区序列,推荐使用tools中的序列,简洁明了。