R包安装的编译问题(unrecognized command line option ‘-std=c++14’)

这两天在安装SingleR 包的时候总是出现编译问题,折腾了一天发现该包是依赖c++14进行编译的,课题组的服务器中的g++版本低,只支持c++11编译。

一、问题描述

报错内容:其实还有一个最初的报错,但当时忘记截图了。。。。。。


报错信息1
报错信息2

其实是这个问题我们可以在最初源码安装R时就发现,在make install编译完成后会展示一个支持环境,如下图:
如果系统不支持的话 C++14 compiler后面会是空的

image.png

二、问题解决

1、我的当前环境中gcc和g++的已有版本:

gcc版本:gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)
g++版本:g++ (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)

2、方法:升级gcc和g++版本为5.2.0
操作步骤:

cd /usr/local/src
# 下载gcc5.2.0源码
wget http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-5.2.0/gcc-5.2.0.tar.bz2
tar -jxvf gcc-5.2.0.tar.bz2
# 进入gcc目录安装
cd gcc-5.2.0
# 下载某些依赖包
./contrib/download_prerequisites
# 创建bulid文件夹
mkdir build
cd build
../configure --prefix=/usr/local/gcc --enable-languages=c,c++ --disable-multilib
# 编译安装,此过程耗时较长
make  -j 4 && make install
# 修改软连接
mv /usr/bin/gcc /usr/bin/gcc_bak
ln -s /usr/local/gcc/bin/gcc /usr/bin/gcc
mv /usr/bin/g++ /usr/bin/g++_bak
ln -s /usr/local/gcc/bin/g++ /usr/bin/g++
# 查看升级后版本
gcc --verson
g++ --version

另外,为什么不直接使用yum update安装升级呢,因为我也试过这种方法只能升级到4.8.5,无法升级到5.0版本,所以还是老老实实手动升级吧。

此外 在编译的时候还会遇到如下警告

configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

解决方法
wget http://mirrors.ctan.org/fonts/inconsolata.zip
unzip inconsolata.zip 
cd inconsolata/
sudo cp -Rfp * /usr/share/texmf/
sudo mktexlsr
最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
禁止转载,如需转载请通过简信或评论联系作者。
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,732评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 87,496评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,264评论 0 338
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,807评论 1 277
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,806评论 5 368
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,675评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,029评论 3 399
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,683评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 41,704评论 1 299
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,666评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,773评论 1 332
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,413评论 4 321
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,016评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,978评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,204评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,083评论 2 350
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,503评论 2 343

推荐阅读更多精彩内容