咖啡的三大原生种：
阿拉比卡种（学名：Coffea arabica）
阿拉比卡种的原产地是埃塞俄比亚的阿比西尼亚高原（即现在的埃塞俄比亚高原），初期主要作为药物食用，13世纪培养出烘焙饮用的习惯，16世纪经由阿拉伯地区传入欧洲，进而成为全世界人们共同喜爱的饮料。
所有的咖啡中，阿拉比卡种的咖啡占75%~80%，它的绝佳风味与香气，使它成为这些原生种中唯一能够直接饮用的咖啡。但其对干燥，霜害和病虫害等的抵抗力过低，特别不耐咖啡豆天敌——叶锈病，因而各生产国都在致力于品种改良。
阿拉比卡种咖啡豆主要产地为南美洲（阿根廷与巴西部分区域除外），中美洲，非洲（肯尼亚，埃塞尔比亚等地主要是东非诸国），亚洲（包括也门，印度，巴布亚新几内亚的部分地区）。
罗布斯塔种（学名：Coffea robusta Linden）
在非洲刚果发现的耐叶锈病品种，较阿拉比卡种有更强的抗病力。
罗布斯塔种适合生长在高温多湿地带。罗布斯塔种具有独特的香味与苦味，仅仅占混合咖啡的2%~3%，整杯咖啡就成了罗布斯塔味。它的风味就是如此的强烈，若想直接品尝它恐怕就得考虑一下了。它一般被用作速溶咖啡，罐装咖啡，等工业生产咖啡上。咖啡因的含量3.2%，远高于阿拉比卡种的1.5%。
主要生产国是印度尼西亚，越南及以科特迪瓦，阿尔及利亚，安哥拉为中心的西非诸国。
利比里亚种（学名：Coffea liberica）
西部非洲为利比里亚种的原产地，对于不论是高温或低温，潮湿或干燥等各种环境，皆有很强的适应能力，唯独不耐叶锈病，风味又较阿拉比卡种差，故仅在西非部分国家（利比亚，科特迪瓦等）国内交易买卖，或者栽种来供研究使用。
在市场流通的咖啡中约有65%是阿拉比卡种
根据ICO的统计，扣除各咖啡生产国国内交易的部分，在世界市场流通的咖啡中约65%的阿拉卡比种，35%的罗布斯塔种。阿拉卡比种的特征是颗粒细长且扁平，罗布斯塔种的咖啡豆较浑圆，由形状即可轻易分辨出。
