气泡图也属于散点图的一种，在散点图的基础上改变点的形状，大小和颜色
1.如何改变点的形状
用自带的mtcars演示
p = ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))
p + geom_point(shape=17,size=4)
p + geom_point(aes(shape = factor(cyl)),size=4)
2.改变点的大小：气泡图
加载包、数据的读入及数据格式
library(ggplot2)
pathway = read.table("R0-vs-R3.path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")
3.初始化数据
pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
pp + geom_point()
气泡图（三维数据）,size 可以是一个值，也可以是数据中的一列
pp + geom_point(aes(size=R0vsR3))
添加颜色变化——四维数据
scale_colour_gradient：自定义一个连续型的配色，常用于热图；
pbubble = pp + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))
pbubble
pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red")
expression函数改变样式，[]是用来添加下标，^是用来添加上标
pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
pr
pr + theme_bw()
散点图小结
• 颜色: color/colour （可渐变）
• 形状：shape
• 大小：size （可渐变）
• 透明度：alpha （练习）
• 改变坐标轴的范围: xlim()和ylim()函数
• 改变标题，坐标轴标题和legend标题:labs()函数
• 保存图片：ggsave()函数
支持多种图片格式：png,pdf,svg等
ggsave("pathway_enrichment.png")
ggsave("pathway_enrichment_gray.png",pr)
ggsave("volcano4.pdf",volcano,width=4,height=4)
ggsave("volcano8.pdf",volcano,width=8,height=8)
绘制直线小结
• geom_abline(slope=xx,intercept=xx): 绘
制直线
• geom_hline(yintercept=xx):绘制水平线
• geom_vline(xintercept=xx):绘制垂直线
• size: 线条粗细
• color: 线条颜色
• linetype: 线条类型
