经过与哥斯拉两次的大战，人类可以说已经深知靠自己的力量永远无法战胜哥斯拉，绝望、迷茫等情绪在人类中蔓延开来，男主晴生也已经放弃了对哥斯拉的“想法”，这时这三部最大的伏笔开始露出水面—艾克西夫（当年对抗哥斯拉的三大文明之一）。如果说这三大文明中，地球人依靠勇气和战略，毕鲁萨鲁多人依靠工程科技，那么艾克西夫依靠的则是“神明”。
他们在人类中开始大肆传播宗教信仰，显然在目前的状况下，绝大多数的人类都成为了艾克西夫文明的狂热教徒。他们把一切的奇迹与“偶然”，都归结于是艾克西夫文明所信仰的神的功劳。而艾克西夫也深信不疑，哥斯拉将被他们的神所打败。
已经无力的男主晴生，只能任由事态发展，但他也没有真正的闲下来，而是跟土著地球人小A，发生了一段不可描述的事情。（这段剧情确实有且牵强，但是的确就发生了呢。）与此同时，艾克西夫正式开展了他们召唤神明的仪式，给每个人喝下了一碗不明液体之后，仪式开始，金色之王—基多拉开始显现于世。
在宇宙中人类种的飞船附近，凭空出现一个奇点，金色之王从中出现，但可怕的是，飞船上的感应装置，在热反应、电波、辐射等一切分析程序，全都发现不了基多拉的存在，唯一能发现它的，目前只有视觉。瞬间，宇宙飞船被灭，不发出一丝声音。
紧接着，地球方面同样发现了异常。现世之后的基多拉到达了地球，沉睡的哥斯拉也开始苏醒（第二部时对哥斯拉造成了一些伤害，导致它沉睡）本杠这段也是抱着看“怪兽大战”的场面开始嗑瓜子，但是并不是回合制，基多拉对哥斯拉进行了单方面虐杀！因为哥斯拉根本触碰不到它，而它却可以对哥斯拉造成伤害，这种违反宇宙真理的现象也让人类也陷入了恐慌。
当人类对基多拉毫无头绪的时候，地球人得到了神的启示，知道了基多拉是一种怎样的存在。它的存在，并不是消灭地球的代言人哥斯拉那么简单（人类已经发现，哥斯拉已经完全变成了地球的主人，地球上的所有资源的发展，都是为了哥斯拉而服务。）而是吞噬一切！
想要阻止这场灾难，唯一的突破口就是艾克西夫，晴生知道这点后，主角光环爆发，找到了艾克西夫。通过艾克西夫的对话，晴生知道了所有的一切，但已经被艾克西夫的“幻术”所控制。
艾克西夫的星球被基多拉毁灭后，幸存下来的人，成为了基多拉的代言人，并开始了宇宙中的漫长旅行，只为了找到像地球这样的星球后，指引他们，并使其发展，然后这颗星球定会孕育出哥斯拉这样的存在，艾克西夫称之为“文明的果实”，当果实成熟之后，他们将召唤出虚空之王—基多拉将其“摘取”，为基多拉的壮大提供养料。而基多拉之所以从与虚空中可以干涉宇宙中的存在，是因为通过艾克西夫的眼睛，通过眼睛，可以准确的找到他要的东西，并在合适的情况下实体，虚体之前转换。
之后就是喜闻乐见的情节，晴生脱离了控制，并弄瞎了艾克西夫的眼睛。失去了“能力”的基多拉，也被哥斯拉所打败！
失去一切的人类，开始了与地球土著的原始快乐生活，小A也怀上了晴生的孩子，像这样的“低级文明”，哥斯拉是不会干预的。
但医生发现了，纳米城市留下来的物质，早已厌倦原始生活的医生，显然想通过它来重现文明。这一刻，男主晴生拯救世界的正义感再一次爆发，不顾小A的感受带着这些物质，去哥斯拉大爷那领死（渣男！）全三部也到此结束。
文明有罪，原始无罪。哥斯拉三部曲，也就此结束，本杠之所以喜欢这部动漫，真的很大程度上是喜欢他对文明的一些想法，虽然表现手法不同，但本杠觉着与《三体》有很多相似且对立的地方！
