（这里只列流程，原理和具体参数设置请参照说明书，推荐使用 Windows系统，不需要编译）

1、软件下载及安装（http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html）

需要下载PAML和PAMLX两个文件的压缩包。

PAML是原始软件，PAMLX为可视化版本，PAMLX 支持4.9及以上版本的 PAML。下载压缩包后直接解压缩即可使用。

需要注意的是，下载完成PAML之后一定要记住自己存放的路径。

PAMLX压缩包

PAML压缩包

使用PAMLX前需要向它指定PAML的路径才能使用。因为程序和示例在PAML包中，PAMLX包中只有可视化操作的部分。

2、准备输入文件（以安装包中自带的【类人猿线粒体蛋白编码基因】数据为例）

一共需要准备两个输入文件：

（1）序列文件

（2）树文件（带有校准点的有根树）

一般Bayes建树之后会输出很多文件，找到符合Newick格式的树然后复制粘贴出来。Newick格式的树如下：

((((human, (chimpanzee, bonobo)) '>.06<.08', gorilla), (orangutan, sumatran)) '>.12<.16', gibbon);

具体文件在安装包中。

3、参数设置 (参照说明书中的参数进行设置）

4、输出文件如下