在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，multiplets和doublets是两种不同的细胞组合情况。
Multiplets（多细胞聚集）：指一个细胞被错误地识别为具有多个barcode（细胞标识符）的情况。这通常是由于技术问题或实验中的错误导致的。在一些单细胞测序技术中，每个细胞应该有唯一的barcode用于标识，但在某些情况下，一个细胞可能会被错误地分配多个barcode，导致测序数据中存在多个barcode对应于同一个细胞。
multiplet_rate.png
https://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/360001378811-What-is-the-maximum-number-of-cells-that-can-be-profiled-
Doublets（双细胞）：指的是两个或更多个不同的细胞被错误地识别为同一个细胞，即具有相同的barcode（细胞标识符）。这种错误识别可能是由于细胞聚集、细胞黏附或实验中的技术问题等原因导致的。当两个或多个不同的细胞被错误地识别为同一个细胞时，这些细胞的RNA会在同一个barcode下被合并，导致单细胞测序数据中存在混合的表达谱和细胞特征。这样的情况会干扰细胞类型的准确识别和表达谱的准确分析
Multiplets和doublets在单细胞测序中都被认为是噪音来源，并且可以对数据分析和解释产生负面影响。因此，在单细胞测序数据分析过程中，通常需要对这些异常细胞进行识别和排除，以确保获得准确和可靠的结果。
https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(19)30073-0
RNA
doubletFinder 专门去除doublet
Seurat 也有简单的QC 来帮助清除doublet . low quality death cell
ATAC
ArchR ‘addDoubletScore’
multiplet，即一个细胞多个barcode
