东吴大学历任校长如下：

大陆时期

1.孙乐文（David L. Anderson）：1900年以宫巷书院为基础筹建“东吴大学堂”，1901年3月开学后就任校长，任期为1900年－1911年。

2.葛赉恩（John W. Cline）：1911年上海中西书院并入，更名“东吴大学”后就任校长，任期为1911年－1922年。

3.文乃史（Walter B. Nance）：1922年当选为东吴大学校长，任期为1922年－1927年。

4.杨永清（Y. C. Yang）：1927年南京事件爆发后就任校长，成为首位本国籍校长，任期为1927年－1952年。

台湾复校后

1.丘汉平（Chiu, Han - Ping）：1951年成立“东吴补习学校”后首任校长，任期为1951年－1952年。

2.施季言（Shih, Ji - Yan）：任期为1952年－1954年。

3.陈霆锐（Chen, Ting - Ruei）：1954年“东吴大学法学院”复校后首任校长，任期为1954年－1955年。

4.曹文彦（Tsao, Wen - Yen）：任期为1955年－1957年。

5.石超庸（C. Y. Shih）：任期为1957年－1968年。

6.桂崇基（C. G. Kwei）：任期为1968年－1969年。

7.端木恺（Joseph K. Twanmoh）：1969年在台恢复“私立东吴大学”建制后的首任校长，任期为1969年－1983年。

8.杨其铣（Edward Yang）：任期为1983年－1992年。

9.章孝慈（Hsiao - Tzu Chang）：任期为1992年－1996年。

10.刘源俊（Yuan - Tsun Liu）：任期为1996年－2004年。

11.刘兆玄（Chao - Shiuan Liu）：任期为2004年－2008年。

12.黄镇台（Jenn - Tai Hwang）：任期为2008年－2011年。

13.潘维大（Wei - Ta Pan）：任期为2012年－2024年。

14.詹乾隆：2024年起担任校长。