linux环境下的软件安装

什么是conda

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conda:最初为管理python包而建立的一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。

miniconda:专注于生信领域，主要由conda+python+base packages

anaconda:应用范围更广，主要由miniconda+150 high quality packages

如何下载miniconda

google "miniconda清华"

搜索“miniconda清华”.png

进入清华镜像网站：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

进入镜像网站.png

选择服务器对应版本

查看命令：uname -a

复制对应版本最新版下载链接

进入服务器安装文件夹，使用命令：wget 下载地址，下载miniconda文件

安装miniconda

使用安装命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

使用激活命令：source ~/.bashrc

添加镜像网站

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
——引自生信星球

使用minicond

查看服务器已安装软件列表

• conda list

搜索conda软件

- conda search fastqc

安装软件

- conda install fastqc -y #默认最新
- conda install fastqc=0.11.4 -y #指定版本

卸载软件

- conda remove fastqc -y

环境变量设置

• 查看环境

- conda info --envs

• 创建新的环境变量

- conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 新的环境变量使用

- conda activate rna-seq
- conda deactivate

思维导图

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