linux环境下的软件安装
什么是conda
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conda:最初为管理python包而建立的一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
miniconda:专注于生信领域，主要由conda+python+base packages
anaconda:应用范围更广，主要由miniconda+150 high quality packages
如何下载miniconda
google "miniconda清华"
搜索“miniconda清华”.png
进入清华镜像网站：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
进入镜像网站.png
选择服务器对应版本
查看命令：
uname -a
复制对应版本最新版下载链接
进入服务器安装文件夹，使用命令：
wget 下载地址，下载miniconda文件
安装miniconda
使用安装命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
使用激活命令：
source ~/.bashrc
添加镜像网站
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
——引自生信星球
使用minicond
查看服务器已安装软件列表
conda list
搜索conda软件
- conda search fastqc
安装软件
- conda install fastqc -y #默认最新
- conda install fastqc=0.11.4 -y #指定版本
卸载软件
- conda remove fastqc -y
环境变量设置
- 查看环境
- conda info --envs
- 创建新的环境变量
- conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 新的环境变量使用
- conda activate rna-seq
- conda deactivate
思维导图
linux环境下的软件安装.png
