1. 目的及思路
一般软件在读取 *.mol2 文件时，依据文件内部的标注确定分子名称，而非文件名。*.mol2 文件结构（仅展示包含分子名称的前几行）如下图所示，#为首的行是Sybyl软件生成的注释，可以看到，分子名称在该文件的第9行（不一定），即@<TRIPOS>MOLECULE的下一行（一定），该分子名为IAA。
# Name: IAA
# Creating user name: XiyangLee
# Creation time: Wed Jun 19 15:25:24 2019
# Modifying user name: XiyangLee
# Modification time: Wed Jun 19 15:27:21 2019
@<TRIPOS>MOLECULE
IAA
22 23 1 1 0
SMALL
GAST_HUCK
@<TRIPOS>ATOM
1 C1 -0.7976 -6.3164 -0.6615 C.2 1 BENZYL 0.0193
2 N2 0.2258 -5.7519 -0.0713 N.pl3 1 BENZYL -0.2884
3 C2 1.3929 -6.1123 -0.6404 C.ar 1 BENZYL 0.0606
4 C3 1.1440 -6.9808 -1.6852 C.ar 1 BENZYL -0.0193
...
为了使软件正确读取我们所希望的分子名称，我们在修改分子名称时需要将 *.mol2 文件内的名称一并修改。本文所介绍方法的思路为：1. 利用cmd批量修改 *.mol2 文件名；2. 利用Python读取文件名并替换文件内的旧分子名。
2. 操作方法
2.1 批量修改 *.mol2 文件名
考虑到批处理对象数目一般较为庞大，我们首先从获取文件名称开始。
在*.mol2文件所在目录新建一个txt文件，输入dir /a-d /b *.mol2* >>文件名.txt，保存后修改该文件后缀为bat，双击执行该bat文件，即可获得该目录下所有*.mol2文件的名称；
新建一个Excel文件，在第二列粘贴需要修改的文件名，第一列的单元格填充ren，第三列输入修改后的文件名称，与第二列一一对应，如图1所示；随后将该文件另存为csv文件；
图1：Excel文件结构
使用Notepad++（或其他文本编辑器）打开保存的csv文件，将所有的,替换为（空格），这样每一行都符合cmd修改文件名的语法格式：ren oldname.xxx newname.xxx，保存后将文件名后缀csv改为bat，双击执行即可批量修改该目录下的 *.mol2 文件名。
2.2 批量修改 *.mol2 文件内的分子名称
新建Python文档，输入并执行以下代码即可。
import os
import re
path = "C:/Users/Admin/Jupyter/MolecularRename/All" # \*.mol2 文件所在文件夹目录，注意删除非mol2文件
files = os.listdir(path) #得到文件夹下的所有文件名称
s = []
for file in files: #遍历文件夹
if not os.path.isdir(file): #判断是否是文件夹，不是文件夹才打开
f = open(path+"/"+file,"r+"); #打开文件
iter_f = iter(f); #创建迭代器
new=[]
for line in iter_f: #遍历文件，一行行遍历，读取文本
new.append(line)
newname = "".join(re.findall(r'(.+?)\.mol2',file)) #将文件名作为分子名称；"".join()：将list转为str；r'(.+?)\.mol2'：去除文件名后缀；
new[0]= '# Name: '+ newname +'\n'
new[8]= newname + '\n'
f.seek(0)
for n in new:
f.write(n)
f.close()
print('Work done.')
