1 pearson, spearman和kendall是常用的三个计算相关系数的方法。这些方法都可以用过R的cor.test来进行计算。
2 Hmisc包的rcorr可以计算matrix之间两两的相关系数。
3 ppcor可以计算偏相关系数。
4 mentel.rtest可以计算矩阵之间的相关。
5 RDA和CCA可以计算“环境因子”与matrix之间的相关关系。
6 adonis、anosim、envfit可以计算变量与matrix之间的关系。
7 SparCC、SPIEC-EASI可以计算matrix之间内部的相关关系，并形成菌群的拓扑结构。
