对于学习生物的专业的同学入门生物信息学，门槛之一可能是计算机操作。这篇随笔会简单介绍一些最基本的概念和操作，尽量帮助同学们绕过非专业方面的一些门槛。
ps:本人水平十分有限，且仅为方便入门同学操作，可能存在诸多纰漏，望斧正。

一、Google （重要系数※※※※※）

不论做什么事情，要抱有学起来的态度才可能做成。故我把Google放在最前也是最重要的位置，希望有心人能学会搜索。在利用搜索引擎时注意甄别，用好互联网上无限的资源。

二、一些概念（重要系数※）

这些并不重要，但对于后续文段理解可能起到一些辅助作用。当做故事或常识来了解一下吧~
通常生物信息学有大量的数据和大量的运算，而我们的个人计算机（PC）通常不具有进行生物信息学运算的条件，故我们通常利用运行Linux操作系统的服务器进行操作。

（一）Linux

性能稳定的 多用户 网络操作系统。各个用户对于自己的文件设备有自己特殊的权利，保证了各用户之间互不影响。
目前市面上有Ubuntu、RedHat、CentOS、Debian、Fedora等诸多发行版（Linux内核+应用软件组合）

由于服务器通常在远程且不方便移动，我们需要远程操作服务器

终端（terminal）

终端（termimal）≈ tty（Teletypewriter，电传打印机，早期的终端），作用是提供一个命令的输入输出环境。但是随着互联网的兴起，人们有了远程使用计算机的要求，于是终端仿真系统诞生了。
我们的个人电脑通常工作在Windows或Mac操作系统，常用的远程连接终端的工具有：
putty、SecureCRT、Termius……
当你打开这些软件并连接到你的服务器，忘掉你的PC，不要混淆工作环境，你已经开始控制远程服务器了。

登陆终端

命令行（command）

通常Linux Server不具有图形界面，操作由鼠标点击变为键盘输入，当看到 $ 或 # 提示时请输入命令，并以 Enter键结束。
当命令运行完成后，终端会显示新一行的提示。

command

三、基本操作

约定：在代码段中，[ ] 包含的内容为可选参数（内容），< >包含的是必选内容，斜体文字 是需要替换的内容，| 连接的是多选一的内容，... 代表不可穷举的内容。

（一）目录与文件

1.mkdir(make directory)

功能：建立目录
usage：mkdir [-p] <dir1 [dir2] ...>
e.g. mkdir -p ~/bioinfo/tools/
在家目录~ 即 /home/username/的bioinfo目录下建立tools目录，若bioinfo不存在则建立（-p生效）。

2.ls(list)

功能：列出当前目录（pwd）下的文件和目录
usage:ls [-alhtr] <file/directory>
-a 显示所有（隐藏）
-l 显示详细
-h 用易于人类阅读的单位表示文件大小
-t 时间顺序
-r 反向排序
特别地 ll 是 ls -l 的别名（缩写），在多数系统中已有定义。

3.cd(change directory)

功能：切换目录
usage：cd <directory>
e.g. cd ~切换到家目录；cd /切换到根目录；cd .切换到当前目录（原地tp没有效果）；cd ..切换到上级目录；cd -切换到最近一次cd前的目录。

4.pwd(print working directory)

功能：显示当前工作目录
usage:pwd
ps:是的，就这么简单。

5.tree

功能：list contents of directories in a tree-like format.
usage: tree [-adt] [-L level] [-P pattern] <directory>
-a 显示所有
-d 只列出目录（不列出文件）
-t 时间顺序
-L level 列出level层文件夹
-P pattern 只列出符合pattern的文件/目录（类搜索功能）
e.g.tree -L 1 -P matrix.count ~/RNA-seq/ 以树形图列出~/RNA-seq/下一层目录以及符合matrix.count字段的文件

tree

TODO

touch、cat、cp、mv、rm、less、more、head、tail、cut、top、

二级标题

五级标题

列表第一项
列表第二项

有序列表第一项
有序列表第二项
标题
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斜体
粗体

未完待续
与君共勉

生物信息学操作基础（一）