前面的处理和后面运行GraPhlAn都是按照刘永鑫老师的这篇文章进行的(重现2篇Nature中GraPhlAn绘制的超高颜值物种树Cladogram_graphlan图)。但运行时有两个错误:
1.对树进行注释时,它显示“Unrecognized annotation "['ignore_branch_len']", maybe spaces instead of tabs?”,因为其是默认设置,我就将其去掉再试了一次,但又有其他类似的报错。这可能是软件版本不同所导致的,我使用的是GraPhlAn version 1.1.3。将所有注释文件中的默认设置加上#或者直接去掉,就不会报错了。
2.在绘制树时,它没有形成树图。因为我的tree.backbone文件中有些物种名有括号,比如SAR324_clade(Marine_group_B),将括号替换成下划线,就可以绘制出漂亮的树骨架图。
层级分类树图复现