《非自然死亡》以UDI，一家非自然死亡研究所为背景，讲述了在日本人数仅有170人的法医解剖者的故事。这部电视剧每集通过一个死亡事件，在说明法医学对法治社会的重要性之外，还会揭露一个社会热点问题，比如在现在社会舆论暴力，校园暴力，边缘群体的生存状态等等。
似乎每一集都能拉出来作为一个短剧，但把这一系列串起来让这部《非自然死亡》成为一个整体的正是法医中堂恋人的事件。
八年前法医中堂的恋人夕希子被杀害后弃尸，尸体被警察送到了医科大学进行司法解剖。而当时当值的正是中堂。
中堂一言不发的解剖了自己恋人的尸体，在恋人尸体的口腔内发现了金鱼的印记。可警察却以中堂是最大嫌疑人为由并不采纳解剖证据。
中堂在之后来到了UDI，想要在这个全国解剖数量最多的研究所找到和自己恋人同样特征的尸体。当年的案件没有找到凶手而不了了之，而中堂坚信凶手是连环杀人犯，一定还会再犯案。这么多年，他一直苦苦寻找，想要找出当年恋人被杀的真相。
而在《非自然死亡》每集的最后都会有一条似是而非的线索，一点点推进事件的走向，让观众始终悬着一颗心，迫切的想要知道当年中堂的恋人到底发生了什么。
而这一切终于在最后的两集全面展开了。
在上一集火灾现场旁边的空屋内，发现了一具被藏在行李箱内的女性尸体。来到现场解剖的三澄美琴在尸体口腔内发现了红色的金鱼。
时隔八年后，红色的金鱼第一次正式进入了警察的视线。当时因为这八年间曾经出现过的两次金鱼印记，都是中堂通过殡仪馆私自找到的，警察并不能当做证据。所以即使发现了红色的金鱼，依然是作为单独的杀人案来侦查，并不以连环杀人作案来考虑。
中堂眼见靠近真相却又怎么都揭不开最后的一层迷纱，不仅焦灼起来。他一次次的去往案发现场，想要找到更多的证据。三澄美琴，东海林和久部，UDI的所有人都全力以赴，想要帮助中堂从这个以为永远都得不到答案的谜题中解脱出来。
可是他们越是查找，案情却越发扑朔迷离起来。
所有的案件之间都没有共通性，死因，作案手法，地点全都没有一样的地方。
就在追查陷入僵局的时候，久部六郎从记者宍户理一那里得到了关键性的提示。
他们终于找到了犯人，可就在中堂医生向犯人的居所飞奔而去时，犯人却浑身是血的出现在了警察局的门口。
夕希子在她唯一出版的绘本《茶色的小鸟》里画到，小鸟最后死去，变成了一朵花。
夕希子对中堂说：“就算是清冷寂寞的一生，只要最后能变成花朵，那不也挺好的。在温暖的，香气宜人的地方变成美丽的花，你不觉得很幸福吗？”
可是中堂并不明白，他觉得人死了就是死了，不会死而复生，也不会变成花。只会留下无尽的痛苦与思念给还活着的人。
死了就什么都没有了，恋人想要创作的下一本粉色河马的绘本，中堂再也没有机会知道那会是怎样的一个故事。
三澄美琴曾经对中堂说，如果可以因为强烈思念再次见到死者，那么中堂就去问一问粉色的河马到底是怎样的故事。
中堂只想问，到底犯人是谁。
杀害了一个一个无辜生命，却依然一脸若无其事的样子生活在人群中的犯人到底是谁。
而下一集就要迎来最后的结局。
