概要
smina 是基于Autodock Vina的软件，主要聚焦于提升算法和最小化。主要的改变包括:
- 通过OpenBabel提供能多的配体分子格式
- 支持多配体文件
- 增加术语类型（例如:去溶剂化能，静电势能）
- 支持用户自定义得分参数和得分功能
- 基于特异的结合配体自动计算盒子
- 允许输出超过20个对接姿势
- 提升了最小化算法
*如果配体不是pdbqt格式，那么在文件中需要局部电荷。完成这项工作在OpenBabel和AutoDock Tools中的prepare_ligand4.py脚本中会有不同的结果。
静态编译文件提供了openbabel和boost（1.5.4），但是要求内核高于2.6.24
Ubuntu下安装
首先在网站上下载smina.static文件。
sudo cp smina.static /usr/local/bin/smina
然后可以输入smina --help查看预编译版本是否可用
输入文件简介
输入:
# arg表示该参数后面需要加参数
-r [--receptor] arg刚性受体（PDBQT）
--flex arg 柔性侧链（PDBQT）
-l [--ligand] arg 配体（s）
--flexres arg 特别的柔性侧链，通过逗号分隔 chain:resid
--flexdist_ligand arg 用于flexdist的配体
--flexdist arg 该参数表示flexdist配体多少距离以内设为柔性配体
搜寻空间 (required):
--center_x arg X中心坐标
--center_y arg Y中心坐标
--center_z arg Z中心坐标
--size_x arg X尺寸大小 (Angstroms)
--size_y arg Y尺寸大小 (Angstroms)
--size_z arg Z尺寸大小 (Angstroms)
--autobox_ligand arg 自动创建盒子的配体
--autobox_add arg 若为自动创建盒子，那么缓冲空间的数量，默认为+4
--no_lig 无配体;对于取样/最小化柔性残基
评分和最小化设置:
--custom_scoring arg 自定义得分文件
--score_only 配体姿势得分
--local_only 使用盒子进行局部搜索 (可能需要附带使用 --minimize)
--minimize 能量最小化
--randomize_only 生成随机姿势，避免空间位阻
--minimize_iters arg (=0) 最陡下降法迭代数量，默认值是无法收敛的，我用的ahr为5000，可以用gmx等软件查看收敛系数
--accurate_line 使用精确的线性搜索
--minimize_early_term S最小化搜索的终止能量
--approximation arg 使用的近似 (linear, spline, or exact)
--factor arg 近似因子: finer-grained效果较好
--force_cap arg 最大允许力，低值对于最小化clashing结构更好
--user_grid arg 用户计算若需要用到的格点文件Autodock map 文件
--user_grid_lambda arg (=-1) 缩放user_grid和功能得分
--print_terms 打印所有项目和默认值
--print_atom_types 打印所有可用原子类型
输出设置 (optional):
-o [ --out ] arg 输出文件，格式根据后缀来
--out_flex arg 对于柔性残基的输出文件
--log arg 可设置的log文件
--atom_terms arg 可设置的输出每个残基的联系值
--atom_term_data 封装每个残基的联系值进入sd数据
Misc (optional):
--cpu arg 使用的cpu数量，默认全使用
--seed arg 随机种子
--exhaustiveness arg (=8) 用尽一切的全局搜索
--num_modes arg (=9) 最大结合模式生成数量
--energy_range arg (=3) 最好和最低结合之间的数值设置(kcal/mol)
--min_rmsd_filter arg (=1) rmsd阈值
-q [ --quiet ] 禁止输出消息
--addH arg 自动加氢（默认是执行的）
--flex_hydrogens 开启氢键转角
设置文件 (optional):
--config arg 以上的设置可以放入这个文件
信息 (optional):
--help 展示帮助
--help_hidden 展示包含隐藏设置的帮助
--version 版本
具体的分子对接待编辑
未完待续
