2021-10-22

1. 学习一下生物数据库

出处:https://zhuanlan.zhihu.com/p/303247762

  1. INSD:国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Databank)。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。
  2. EMBL库:欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。Ensembl数据库网站开始于一个真核生物基因组注释项目,其侧重于脊椎动物的基因组数据,但也包含了其他生物,如线虫,酵母,拟南芥和水稻等。随着时间推移,越来越多的基因组数据已经被添加到了Ensembl,同时Ensembl可用数据的范围也扩展到了比较基因组学、变异,以及调控数据
  3. GenBank :美国国家生物技术信息中心 (NCBI)所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。
  4. DDBJ :日本核酸数据库。
  5. GSDB:美国国家基因组资源中心(NCGR)维护的DNA序列关系数据库(Genome Sequence DataBase)

Entrez Gene比genebank更加全面和先进。
GenBank:
  GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ,NCBI)建立的DNA序列数据库,从公共资源中获取序列数据,主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划( Benson等, 1998)。GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库,每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译,主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划。为保证数据尽可能的完全,GenBank与EMBL、DDBJ建立了相互交换数据的合作关系。
Entrez:
  Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。 Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。
  它包括核酸,蛋白以及Medline文摘数据库,在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此,可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献,而且,每个条目均有一个类邻(neighboring)信息,给出与查询条目接近的信息。

代谢途径和细胞调控数据库

  1. WIT:是美国阿贡国家实验室的一个集成的重构代谢途径和模型的系统。
  2. MPW:代谢途径数据库,是EMP库的一个子集。
  3. PathDB:代谢途径数据库。
  4. KEGG:京都基因与基因组百科全书,它包含核酸分子、蛋白质序列、基因表达、基因组图谱、代谢途径图等。
  5. SMILES:是一个辅助性数据库,它搜集与代谢途径有关的化合物名称。
  6. LIGAND:酶反应化学数据库,由日本京都大学化学研究所维护。
  7. CSNDB:细胞中信号网络的数据库。
  8. Biocatalysis/Biodegradation:生物催化和生物降解数据库。

2.KEGG数据库:

来源:https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079696

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 213,014评论 6 492
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,796评论 3 386
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 158,484评论 0 348
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,830评论 1 285
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,946评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,114评论 1 292
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,182评论 3 412
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,927评论 0 268
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,369评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,678评论 2 327
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,832评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,533评论 4 335
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,166评论 3 317
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,885评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,128评论 1 267
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,659评论 2 362
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,738评论 2 351

推荐阅读更多精彩内容