首先咱们得出结论，然后再思考为什么。
结论就是后世的儒学和先秦孔孟之学已经相去甚远。
我们现在能了解孔子的儒学本义吗？通过很多方式，我们都能了解到孔子的思想，先秦儒家的主旨是什么？经国济世。孔子的施政逻辑是什么？“修身，齐家，治国，平天下。”修身是孔子施政逻辑的起点。修身的标准是什么？“仁”。
那么我们稍微动下脑筋就会知道：两千年后的我们，面临着古籍散佚，句法不通，文字变形，读音离乱的情况下，还能搞懂孔子，当时的董仲舒会不理解孔子的意思？程朱理学的大家文言文功力未必比我们还差？答案显而易见。
他们都懂孔子，也都懂儒家。但是一种思想，一种主义，一种学派要生存下来，不是光靠坚持自身理论就够了的。世事都在变化，理论需要发展。春秋战国时期诸子百家争鸣，可到最后传下来的也只有“道，儒，法”三家了吧？思想和人一样，适者生存，那么，在适应新时期的变化中，孔子的本义固然是重要的，如何改变以求生存发展才是更重要的。
其实，就儒家学派来说，他们真是做得不错，要不然何以一统中华官场二千年，一直到如今还在复兴？
这种发展变化，你要称其为“歪曲”——也可以。
但是我们是这么认为的：孔子的“仁”，孟子的“义”属于比较朴素的儒家学说，我们称其为“先秦儒家”。可是你看，孟子的“义”不也是对孔子学说的“歪曲”？
而暴秦灭亡后，焚书坑儒造成的各种思想损失，以及暴秦法家失败对汉朝的警示，西汉从建立到文景之治一直都是流行“黄老之道”作为统治阶层指导思想。儒学慢慢复兴，急需要扩大生存空间，正好汉武帝需要对抗喜欢“黄老之学”的窦太后，并加强中央集权。董仲舒和刘彻那是一拍即合，他引入道家思维，法家手段搞出来的“君权神授”，“三纲五常”这套理论深得汉武帝之心，儒家迅速成为国学。“罢黜百家 独尊儒术”，儒家学派从此广大。
到了这个时期，儒家进入了一个新的阶段，是一个融入了法家道家的新儒家。孔子是表象，老子是潜意识，韩非子才是政治手段。新儒家就成为了一种比较完整的意识形态，并且成为了两千年来官场的传统。而由于引入了道家的思想，在哲学思想范畴里，儒家不再是世俗政治学，开始了修身修心的哲学化和神化历程。所以汉儒，我们又称之为“经学”。
而程朱理学的变化也不过是因为唐至五代，兵马天下，谶纬学被禁止，儒学已经衰微，不得不进行改革，更多的引入道家，甚至佛教的思维，把务实的儒学变得相对务虚。我们称之为“理学”。
后来还有陆王心学。你要说是儒家吧，对，都是儒家。但是王阳明的心学和先秦孔孟的儒学已经完全不是一个东西了。这是时代变化的需要，是历史挡不住的洪流。
当然，你硬要说是他们对儒学的“歪曲”——也对。
不歪曲，就没人信了啊。
