2018APT(252)-001 核酸适配体与靶标相互作用(界面)研究进展综述

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2018APT(252)-001 核酸适配体与靶标相互作用(界面)研究进展综述

【推荐指数】*****

【推荐语】刘珍宝老师的综述文章,结合不同的靶标(小分子、大分子、细胞)与适配体的相互作用。介绍了研究相互作用的常用技术,两者之间的主要相互作用力,以及结构研究技术等。理解这些技术和相互作用的作用力,对于筛选或应用都会有帮助。推荐阅读。


刘珍宝 帅哥一枚

一、内容简介:

 文章从三个主要方面总结了适体 - 靶标相互作用研究的进展。首先,我们说明适配体的靶标,包括小分子,大分子,甚至活细胞。其次,我们介绍了常用于探测相互作用的主要方法,包括传统的物理化学方法和分子对接模拟。第三,适配体与靶标相互作用的主要作用力。

适配体可以形成多种结构形状,例如发夹,凸起,假结和G-四链体。它们可通过氢键,静电相互作用,疏水作用,π-π堆积,范德华力,或这些不同的力的组合与靶分子发生相互作用。

相互作用研究技术:SPR 、CD、ITC、足迹法、截短实验、NMR & X-ray、分子对接模拟,还有一些其它的技术,如毛细管电泳,质谱,石英晶体微量天平,荧光光谱,原子力显微镜,拉曼光谱,小角度X射线散射,体积和光谱测量等。

【笔记】根据适配体Rd13的CD光谱,他们推断适体很可能折叠成G-四链体结构,因为CD光谱在260nm处显示最大值,在240nm处显示最小值,这是G-的特征。四重结构。在溶液中加入氯化镁后,260nm处的信号增加,240nm处的信号减少,表明适体易于在低盐缓冲液中形成G-四链体结构。

【评述】:如果筛选小分子,与相互作用的模式可能与小分子自身结构密切相关。分析不同的结构,也许能采用不同的方法进行筛选,有利于提高筛选的成功率。

二、关键词:适配体 相互作用研究技术 SPR ITC  CD NMR X-ray

三、文献信息

1 Cai, S. et al. Investigations on the interface of nucleic acid aptamers and binding targets.  Analyst 143, 5317-5338, doi:10.1039/c8an01467a (2018).

四、原文链接

https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2018/an/c8an01467a

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