scDblFinder: detect doublet

https://github.com/plger/scDblFinder

require(zellkonverter)
require(SingleCellExperiment)
require(scDblFinder)

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object_used <- readH5AD("/data/Zhiyong/AAA__Work/Raw-matrix.h5ad")

kk_matrix = as.matrix(object_used@assays@data$X)
kk_meta <- as.data.frame(object_used@colData)

expected_doublet_rate_used = (dim(object_used)[2]/10000)*0.04

object_used <- scDblFinder(sce=kk_matrix, clusters = as.vector(kk_meta$leiden), dbr=expected_doublet_rate_used)

注意使用的 cluster 数量，cluster 越多，识别出的 Doublets 的比例越高

参数：

dbr=: 预计的 doublet 的比例
dbr.sd=: 允许使用的 dbr 围绕给定 dbr 的波动范围，默认是 40%