CRAN是R默认使用的R包仓库，install.packages()只能用于安装发布在CRAN上的包。此外还有几个软件包仓库，而Bioconductor是基因组数据分析相关的软件包仓库，需要用专门的命令进行安装。BiocManager::install()是最新版本的R和 Bioconductor安装Bioconductor 软件包的命令。如果R 的版本< 3.5.0，请使用以下命令安装Bioconductor：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #安装核心软件包
BiocInstaller::biocLite("") #安装特定的软件包
下面以最近版本的R和 Bioconductor为例：
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery") #安装 GEOquery，用于下载GEO数据
安装好所需要的程序包后就可以用R进行数据的下载：
library(GEOquery) #加载GEOquery
BiocManager::install("GEOquery") #安装GEOquery 下载GEO数据
library(GEOquery) #加载GEOquery
# limma包是对基因芯片表达矩阵的分析，RNAseq需要用DESeq2。limma的核心函数是lmFit和eBayes， 前者是用于线性拟合，后者根据前者的拟合结果进行统计推断
BiocManager::install("limma") #安装 edgeR时会同时安装limma 分析基因表达微阵列数据
library(limma) #加载limma
BiocManager::install("DESeq2") #安装DESeq2 差异基因分析
library(DESeq2) #加载DESeq2
BiocManager::install("edgeR") #安装edgeR 差异基因分析
library(edgeR) #加载edgeR
