Bioperl的安装以及使用npm安装

2020-02-19

首先登陆上bioperl官网  https://metacpan.org/release/BioPerl

注:以下都是在我的env下进行

一、Bioperl安装

1、进度对应模块儿(需要安装的东西)界面

点击侧边的install instructions,如图1(这个是blastutils的模块儿界面)

图1(这个模块儿和VFDB有关)和这个链接的东西相关 https://npm.taobao.org/package/blastutils/v/1.1.15

2、按照instructions安装

点击,出现以下提示,,如图2(注意,图2是bioperl的安装,不是任何其他模块儿的安装说明)

1)

图2(安装bioperl)

根据图2在我的环境下执行这两个命令,安装结束后点击 q 退出perl

2)

图3(与ARDB相关bio::seqIO) http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1059379.html 

二、使用npm安装

另一个shell执行了

npm install blastutils

npm install node-tool-utils --save

参考https://npm.taobao.org/package/node-tool-utils


参考:

1、bioperl安装(无需root权限)https://www.jianshu.com/p/f348464c52da (后面执行build不存在,这个失败

2、https://metacpan.org/release/BioPerl  (根据官网安装提示直接安装,时间较长,中间需要y

3、https://npm.taobao.org/package/node-tool-utils (使用npm安装的提示

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