conda安装
conda官网：https://conda.io/miniconda.html
选择自己合适的版本安装
linux系统可使用以下命令
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行安装程序
source ~/.bashrc #激活conda base环境
安装软件
添加软件源（镜像）
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
可以选择添加清华镜像，国内比较稳定
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
该网站可以搜索包含特定包的镜像，下载时可以指定镜像下载站
https://anaconda.org/
显示安装的频道
conda config --set show_channel_urls yes
查看已安装channels
conda config --get channels
已添加的channel查看
vim ~/.condarc
安装更新软件命令
conda install -c <channel> <software> #可以通过=指定软件版本号
anaconda search -t <software>可以搜索目标文件的镜像
下载特别大的软件时可以将安装包使用wget命令下载至本地，移动到conda的默认安装包下载保存路径miniconda3/pkgs
查看已安装软件
conda list
更新特定软件
conda update gatk
卸载指定软件
conda remove gatk
环境维护
可以根据不同目的创建多个环境用于不同软件的安装
查看目前已有环境列表
conda env list
conda info --envs
创建新环境
conda create -n python2 python=2
#-n: 设置新的环境的名字
#python=2 指定新环境的python的版本
退出环境
conda deactivate
删除环境
conda remove -n [myenv] --all
通过yaml文件快速分享导出、分享conda环境
导出yaml
激活ngs-rna-pipe环境
conda activate ngs-rna-pipe
输出当前环境的文件配置
conda env export -f test.yaml
查看当前环境的文件配置(默认保存当前目录)
cat test_env.yaml
创建基于yaml的环境
来源可以为网络中其他人分享的yaml文件，方便分析流程的重现
conda env create --file environment.yaml
