《墨子》科学思想在战国时期兴起、发展，至秦骤衰，在以后漫长的封建社会中又得到两次不同程度的复兴。
魏晋时期，两汉经学隐入谶纬神学，不可避免地衰落了。政治上的动乱，使独尊儒学的思想专制局面濒于解体，思想界又一次活跃起来，墨学也得到了一次复苏机会。《墨子》的科学思想对魏晋时期的科学家鲁胜、刘徽等的科学思想和科学活动产生了明显的影响。
鲁胜“兴微继绝”，为“亡绝五百年”的《墨子》作注，第一次引说就经，将《经上、下》，《经说上、下》四篇单独成《墨经》一书，使得《墨子》的科学成果得以汇集，使墨子的科学思想、科学理论、科学方法、技术实践得以构成一个科学体系。这种体例上的整理，是鲁胜对墨子科学活动研究的结果。鲁胜的《墨辩注叙》主要介绍了“坚白之辩”、“无序之辩”、“同异之辩”、“是非之辩”，深得《墨经》科学思想之精要。
刘徽的《九章算术注》对一些重要的数学概念给出了严格的定义，并由对《九章算术》中的公式和命题作了合乎形式逻辑的证明，从而构成了具有逻辑证明，推理结构的数学理论。这是对《九章算术》以数值计算为中心的，非逻辑结构的数学体系的重大突破。刘徽的《九章算术注》的成就和墨子科学思想的影响是分不开的。
首先，刘徽的科学认识活动，首先是对实践中获取的大量经验材料，进行别异分类的整理。其次是用明确的，合乎逻辑的语言形式进行理论分析，证明公式和命题的合理性，并用几何图形显示空间形体，进行简化分析，再用已证明的公式和命题，进行演绎推理，以探求未知关系。刘徽关于科学认识过程的看法和墨子的科学思想相合拍。
其次，刘徽广泛动用了定义法，使数学概念明确化，严密化，这和《九章算术》中的数学名词大都是约定俗成的状况相比显得更为成熟。刘徽对幂、列衰、率、方程等20 多个数学概念直接给出了严格的定义，又从定义出发进行推理演算。刘徽以定义作为科学理论构成的逻辑起点，这和《墨经》的思想方法相吻合。两者都揭示了被定义的概念的本质属性，因而都是相当具体地被确定了，在理论思维的应用中不会产生歧义，这正是构成科学理论的基本要求。同时，两者的数学定义也都相当简洁明晰，不是用比喻或否定的方法给出的。
第三，墨子“察类明故”的思想，在刘徽的《九章算术注》中得到了明显的反映。刘徽在分类的基础上进行的推理和墨家的“以类取以类予”的原则、方法相同，刘徽关于别异分类在科学认识过程中作用的看法和墨子科学思想也是吻合的。《九章算术》中的各种公式和解法，都只说明应该这么用，这么解，而不深究其所以合理，所以能解。刘徽则在整理《九章算术》中各个问题的解法时，进行了分类，凡在理论上能说明其所以能解的一类问题都归在一起。刘徽的数学理论是结合解题的数学实践而展开的，在数学推理、论证的过程中，刘微不只停留在知其然的表象上，而且进一步探究其所以然，揭示内在的因果联系，由原因推言其结果，使一些公式的应用和计算的过程更具合理性。刘徽在数学论证和运算过程中的强调前因后果的逻辑联系。“故”这个字是在墨子手里净化成为说明因果规律的范畴。刘徽继承和发展了墨子关于普遍因果联系的科学思想，认为数学不只在于用传统的计算方法去解决具体的数值计算问题，数学也能作为一种有效的工具，去认识自然界普遍存在的因果联系。算术“虽曰九数，其能穷谶入微，探测无方。至于以法相传，亦犹规矩度量可得而共”。
墨学的第二次复兴是在清末民初。当时，外侵加剧，丧权辱国，民族危机严重。这一现实促使近代中国形成了一股奋发图强，自立救国的社会思想。当时，封建社会趋于瓦解，以儒道佛为主体的传统思想也成了社会怀疑、批判的对象。《墨经》重视科学技术，重视逻辑的思想，和当时传入的近代科学文化可相互参证，从而能成为反封建的思想武器，这也是墨学复苏的一个重要原因。
墨子科学思想在漫长的封建社会中只在两个短暂的历史时期得到过程度不一的重视。即使在墨学作为显学的战国期间，墨学也是以其社会政治学说和团体组织形式为世注目。墨家以手工业生产实践为基础，结合在名辩思潮中发展起来的形式逻辑的科学思想受到了社会的忽视。先秦诸子，除公孙龙之外，引《墨经》者绝少，他们对墨学的评说也都只言及其社会政治思想，不及其科学活动。
墨家所处的社会对墨子的科学活动、科学思想都不屑一辞，后世对墨家的科学活动亦是异常冷漠。晋鲁胜在《墨辩注叙》中曾说出；"自邓析至秦时，名家者世有篇籍，率颇难知，后学莫复传习，至今五百余岁，遂亡绝"。鲁胜注《墨经》四篇仅存其叙。唐乐台注《墨子》，唐志不载，且只字不存。所以孙星衍在《墨子注后叙》中指出：“汉唐以来通人硕儒，博贯诸子，独此数篇（指《经上下》，《经说上下》），莫能引其字句，以至于今，传写讹错，更难钩乙”。墨子科学思想的湮灭令人扼腕。
