用来求两个BED或者BAM文件中的overlap，overlap可以进行自定义是整个genome features的overlap还是局部。 加-wa参数可以报告出原始的在A文件中的feature，加-wb参数可以报告出原始的在B文件中的feature, 加-c参数可以报告出两个文件中的overlap的feature的数量，参数-s可以得到忽略strand的overlap，具体案例如下：
- 案例一：包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。分别来自于不同文件的染色体位置的交集是什么？
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed
chr1 15 20
- 案例二：包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。求A文件中哪些染色体位置是与文件B中的染色体位置有overlap.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa
chr1 10 20
- 案例三：包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。求A文件中染色体位置与文件B中染色体位置的交集，以及对应的文件B中的染色体位置.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wb
chr1 15 20 chr1 15 25
- 案例四（经用）： 包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。求对于A文件的染色体位置是否与文件B中的染色体位置有交集。如果有交集，分别输入A文件的染色体位置和B文件的染色体位置；如果没有交集，输入A文件的染色体位置并以'. -1 -1'补齐文件。
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -loj
chr1 10 20 chr1 15 25
chr1 30 40 . -1 -1
- 案例五： 包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置，如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置，以及overlap的长度.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 20
chr1 18 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wo
chr1 10 20 chr1 15 20 5
chr1 10 20 chr1 18 25 2
- 案例六： 包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置，如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置，以及overlap的长度；如果和B文件中染色体位置都没有overlap,则用'. -1-1'补齐文件
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 20
chr1 18 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wao
chr1 10 20 chr1 15 20 5
chr1 10 20 chr1 18 25 2
chr1 30 40 . -1 -1
- 案例七： 包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置，输出在A文件中染色体位置和有多少B文件染色体位置与之有overlap.
$ cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40
$ cat B.bed
chr1 15 20
chr1 18 25
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -c
chr1 10 20 2
chr1 30 40 0
- 案例八(常用)： 包含着染色体位置的两个文件，分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置，输出在A文件中染色体位置和与B文件染色体位置至少有X%的overlap的记录。
$ cat A.bed
chr1 100 200
$ cat B.bed
chr1 130 201
chr1 180 220
$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -f 0.50 -wa -wb
chr1 100 200 chr1 130 201
