天然食物中含有许多对人体有益的酶。人们常说，食物造就了我们。其实更准确的说法是，我们能够从食物中消化吸收的成分造就了我们。我们吃下去的食物只有被转化为可吸收的状态时，才能给我们提供营养。这一转化过程靠酶来完成。
酶是一种可以使大块的食物变成小的单元并完成消化过程的化学物质。通过酶的作用，蛋白质水解成氨基酸，复杂的碳水化合物转化为单糖，脂肪则转化为脂肪酸和甘油。每天，胰腺、肝、胃和肠壁可以分泌10升的消化液，进入我们的消化道。人体合成酶需要必要的营养素，如果缺乏这些营养素，就会导致酶的缺乏。也就是说，人体利用营养素的能力会因此而下降，这又会导致进一步的营养缺乏——形成恶性循环。
比如人体合成胃酸和分解蛋白质的酶是蛋白酶，而其完成合成、分解的过程则需要锌的参与。缺锌的人分解蛋白质的能力会很快降低，使得食物以大分子形式进入小肠，这本来是不应该出现的事情。如果肠壁不是百分之百完整无损（损伤对缺锌的人来说是普遍现象），这些未消化的大分子就可以进入人体，而我们的身体则会视它们为入侵者并攻击它们。这是大部分食物过敏的基本诱因。
一旦人体对一种食物产生了过敏反应，每次摄入这种食物，肠道便会发生同样的反应，并会引起发炎，进而打破肠道内有益菌和其他微生物之间的平衡。消化酶缺乏触发的食物过敏，往往也会导致消化不良、腹胀、胀气、消化痛、大肠炎、肠易激综合征、节段性回肠炎或念珠菌病。
人体中主要的消化酶包括消化碳水化合物的淀粉酶、消化蛋白质的蛋白酶及消化脂肪的脂肪酶。为了帮助消化，有许多营养补充剂添加了一些消化酶。冻干植物酶就有这种用途，常用的有菠萝蛋白酶和木瓜蛋白酶，它们分别是从菠萝和木瓜中提取出来的，具有和胃蛋白酶相似的化学性质。胃蛋白酶是一种高效消化酶，它可以分解其自身重量35～100倍的蛋白质。
生吃食物是提高酶能力的好办法，因为生的食物中含有大量的酶。食物的烹饪加工过程会破坏酶。来自美国俄亥俄州辛辛那提市的生物化学家、诺贝尔奖获得者阿图里·维尔塔宁（Artturi Virtanen）教授证明，在咀嚼生蔬菜的过程中，蔬菜中的酶会在口腔中释放出来，与食物接触并开始消化的过程。与某些研究者所猜想的不同，这些酶不会因胃酸作用而变性，反而可以在消化道内保持活性。
一些食物含有对人体不利的酶抑制剂，如扁豆、大豆和鹰嘴豆所含的胰蛋白酶抑制剂，会阻碍蛋白质的完全消化。然而这些抗酶因子在发芽和烹制的过程中可以被破坏，所以吃豆芽和烹熟的豆子是没有问题的。同样的道理还适用于富含植酸的谷物，因为植酸会与有益的矿物质相结合。
淀粉酶和蛋白酶这两种主要的消化酶是许多食物中都含有的。很早以前，人类就学会了在吃食物以前利用这些酶对食物进行预消化。发酵食品和陈年食品就是很好的例子。生食中也含有这些酶，并且在咀嚼过程中就已经开始发挥作用。这些食物需要经过适当的咀嚼以释放并激活所含的酶。一些食物如苹果、葡萄和芒果，还含有具抗氧化能力的酶，如过氧化物酶和过氧化氢酶，这些酶可以帮助消除自由基。
