sORF的鉴定

华科刘世勇开发的CPPred-sORF，可用于鉴定植物的LncRNA和sORF. CPPred-sORF: Coding Potential Prediction of sORF based on non-AUG .Xiaoxue Tong, Xu Hong, Juan Xie, Shiyong Liu.bioRxiv 2020.03.31.017525; doi: https://doi.org/10.1101/2020.03.31.017525

sORF的综述

Schlesinger, D. and Elsässer, S.J. (2021), Revisiting sORFs: overcoming challenges to identify and characterize functional microproteins. FEBS J. https://doi.org/10.1111/febs.15769
综述里讲了sORF的功能和sORF的鉴定工具。
植物sORF数据库
sORF主要来源于LncRNA和UTR区。分为

• uORF，mORF上游的小型ORF(主要介导调控后面的mORF)
• uoORF，跨5'UTR和mORF的小ORF
• dORF，mORF下游的小ORF
• doORF，跨mORF和3'UTR的小ORF
• sORF，基因组中的其他小ORF
  mORF指的是mRNA的ORF.
  分类方法来自 Chen, Y., Li, D., Fan, W., Zheng, X., Zhou, Y., Ye, H., Liang, X., Du, W., Zhou, Y. and Wang, K. (2020) PsORF: a database of small ORFs in plants. Plant Biotechnol J., https://doi.org/10.1111/pbi.13389