葱属内生细菌多样性分析

图5。基于LEfSe软件分析，从门到属的水平的组被确定为其样品组的重要代表。（A） 分支图表示使用LEfSe生成的已鉴定的栖息地生物标志物的分类层次结构。每个环代表一个分类层次，门，类，顺序和家庭从中心到外围。每个圆圈是数据集中的分类单元，圆圈或节点以颜色显示，其中分类单元代表显着更丰富的组。（B） 鉴定了在不同样品中按其效应大小排列的生物标志物。在样品之间进行比较时，栖息地生物标志物被鉴定为显着丰富（p<0.05）。CL：中国韭菜；WO：威尔士洋葱；GA：大蒜；ON：洋葱。

Statistical analysis. The data were analyzed using a one-way ANOV A in SAS ver. 8.0 software. Significancedifferences among the four Allium species were determined using Fisher’s least significant difference test(P ≤ 0.05). Venn diagrams were generated using the “Venn diagram” package, heatmap images were producedusing the “pheatmap” package, and Principal coordinate analysis (PCA) figures were created using the “princomp”program in R (v3.1.2). LefSe and PICRUSt were analyzed using LefSe (https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse) and PICRUSt software (http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/), respectively. Pearson’s correlations were used to assess the relationships between gene functions and bacterial communities.

统计分析。使用SAS版本中的单向ANOV a分析数据。8.0软件。采用Fisher最小显著性差异检验（P≤ 0.05). 使用“维恩图”包生成维恩图，使用“pheatmap”包生成热图图像，并使用R（v3.1.2）中的“princomp”程序创建主坐标分析（PCA）图。使用LefSe分析LefSe和PICRUSt(https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/lefse）和PICRUSt软件(http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/)，分别。Pearson相关性用于评估基因功能与细菌群落之间的关系。