LD连锁不平衡和PI的概念问题在此不再叙述，很多文章说明这些问题。

在此，我想说一下，LD曲线和核苷酸多样性的图的问题。

一般来说，LD连锁程度越高，表明两个SNP之间的相似度越高，那么，对于PI值来说，SNP的多样性就降低了。所以，LD曲线下降越快，PI值就会越高（如上图；引自硕士毕业论文）。

LD衰减曲线在0-50k范围内与pi的趋势相同，当时后面红色的曲线出现差异，我觉得是这个品种的特点导致的，没必要深究；

当然，有一种原因是：计算的时候没有去除杂合的个体。群体中有些个体出现问题了，比如，群体中有些个体比较杂；有些个体不属于该品种而被放到一起，导致PI增高而LD衰减不明显。