#!/bin/bash
#SBATCH --array=0-15
#SBATCH --job-name=minimap2
#SBATCH --output=out.%A_%a.txt
#SBATCH --cpus-per-task=24
#SBATCH --mem-per-cpu=3G
source activate genomeAsemble
prefix=(qry1 qry2 qry3 qry4 qry5 qry6 qry7 qry8 qry9 qry10 qry11 qry12 qry13 qry14 qry15 qry16)
echo "This is task number $SLURM_ARRAY_TASK_ID"
minimap2 -cx asm5 --eqx 00.reference/ref.fasta 02.public.available.genome.only.chromo/${prefix[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.fa -t 24 -a -o 03.minimap2.sam.output/${prefix[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}.sam
echo "Task $SLURM_ARRAY_TASK_ID is done"
slurm 常用的一些参数
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minimap2耗时
image.png
