本文转载自:AI4S 时代玩转分子动力学?看看你能到第几层!
分子动力学(Molecular Dynamics,MD)是一种通过模拟分子系统的运动来研究物质性质的计算方法,在材料、化学、生物医药等领域有着广泛的应用。在 AI for Science(AI4S)时代,我们可以利用深度学习技术来构建更准确的原子间相互作用模型,从而提大大高分子动力学模拟的预测能力。分子动力学说难不难,懂牛顿运动方程就懂它的基本原理了;但说容易也不容易,因为它的底层原理可以很深。
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在分子动力学模拟中,我们需要求解系统中所有原子的运动方程,这需要使用数值积分方法。数值积分方法的选择对模拟的准确性和稳定性至关重要。
( ´▽`) 怎么又是牛顿方程,又是数值积分的?听起来有点复杂呀。。。
Don't worry !
在这里,我使用了一个可以快速上手的 Notebook 例子,由浅入深、逐层深入地介绍分子动力学数值积分的基本原理。
对于 Notebook,可能有些读者还不太了解。简单来说,Notebook 是一种交互式编程环境,让你能在一个文档中编写和运行代码、挥洒你的想法、撰写文字、创建图表等。如果你还没有尝试过这个工具 ……相信我,它可以为你的学习带来全新的体验。
无论你来自哪个行业,如果你也有兴趣于细微之处观察世界。只要你对 AI for Science 感兴趣,都欢迎你来看看自己能到哪一层!