IMGT/HighV-QUEST的一点教程

IMGT/HighV-QUEST是由国际免疫学数据库(IMGT)维护的一款在线的免疫受体序列分析工具。这个工具基于IMGT/V-QUEST,是专门为处理高通量测序(HTS)数据设计的。少于20万的序列可以一次性上传。多的就要拆开了。

IMGT/HighV-QUEST用于分析VDJ重排以及其他的免疫受体序列相关的信息。它可以识别和比对免疫受体基因,提供核苷酸和氨基酸序列,提供序列的功能注释,识别突变热点,等等。这个工具使用IMGT的唯一编号系统,这使得结果可以与其他IMGT工具和数据库进行交互。

IMGT/HighV-QUEST提供了一种方便的方式来处理和分析大量的免疫受体序列数据,使得研究人员可以更容易地理解免疫系统的复杂性和多样性。这个工具已经在许多免疫学研究中被广泛应用,包括疾病相关的抗体响应、疫苗设计、免疫细胞受体工程等领域。

要想使用IMGT/HighV-QUEST,需要在IMGT的网站上注册一个账户(最好是edu邮箱申请,其他邮箱不知道可不可以),然后上传他们的序列数据。然后,可以选择他们想要进行的分析和输出的结果格式。分析完成后可以下载结果文件进行进一步的分析。

输入也很简单,fasta文件就行。跑完时间取决于排队情况,执行时间好像不超过半个小时就完成了。

image.png

会有11或者12个文件生成,然后按照自己的需要查看文件就是了

  1. Summary (always provided in a spreadsheet and in a TXZ archive)
  2. IMGT-gapped-nt-sequences
  3. nt-sequences
  4. IMGT-gapped-AA-sequences
  5. AA-sequences
  6. Junction
  7. V-REGION-mutation-and-AA-change-table
  8. V-REGION-nt-mutation-statistics
  9. V-REGION-AA-change-statistics
  10. V-REGION-mutation-hotspots
  11. Parameters (always provided in a spreadsheet and in a txz archive)
  12. scFv (only present if 'Analysis of single chain Fragment variable (scFv)' was selected in Advanced functionalities)

scFv

单链可变片段(Single-chain Variable Fragment,缩写为scFv)是一种工程化的抗体,由抗体的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)通过一个短的多肽链连接而成。

在自然状态下,抗体是由两个重链和两个轻链组成的,其中重链和轻链的可变区构成了抗体的抗原结合部位。然而,在许多生物技术应用中,使用整个抗体分子可能过于复杂或者不必要。因此,科学家开发了scFv这种只包含抗体的可变区的小分子。

scFv分子保留了原来抗体抗原结合部位的特异性,但是由于它的大小比整个抗体小很多,因此在许多情况下可以具有更好的渗透性和组织分布。此外,scFv的生产成本也通常比整个抗体低。

scFv被广泛应用于许多生物技术领域,包括免疫疗法、诊断测试、以及研究中的抗原识别等。例如,CAR-T细胞疗法中,T细胞表面的人工受体就是由scFv构成的,这使得T细胞能够识别并攻击特定的肿瘤细胞。

在IMGT/HighV-QUEST这个工具中,可以选择进行scFv的分析。这种分析可能包括识别scFv的序列,预测其结构和功能,等等。如果选择了这个选项,结果中就会生成一个scFv.txt的文件,包含了scFv的分析结果。

https://mp.weixin.qq.com/s/d5-dUCKdwyFwIY5Mqhjv6Q
IMGT/HighV-QUEST --- IMGT/HighV-QUEST文档

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