GO分析时使用上调or下调差异基因

分开与合在一起都可以分析,但目的不同。

分开分析更多强调看通路是被激活还是被抑制;

合在一起分析更宏观。


1 为什么要分开讨论?因为我们希望通过看显著上调或下调的基因中通过GO和KEGG注释,归类之后有没有你所关注的科学问题

2 基因不是单独作用的,所以你可能会发现希望上调的结果下调了,希望下调的结果上调了,这个就需要你做PPI的相互作用网络分析

3 以上是基本层次的,目前比较好的是做到IPA(ingenuity pathway analysis)主要对医学和动物模型(大小鼠)相关研究有用,对上下调的基因数据做一个完整的整合分析


待续。。。

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