生信人之路(一)hg19的介绍和下载

先来个自我介绍

本人某中流985计算机专业的大四生,保研本校一名从事生信研究的计算机大牛处。当初觉得学的方向只要不是硬件都行,现在想来真是头铁/(ㄒoㄒ)/~~,现在开始接触一些生物信息的知识,感觉全都看不懂,纯纯的小白了属于是。

所以打算开一个专栏,来记录自己从入门到入土(不是)的一个历程,一来可以记录一些知识,二来也希望给后来人一点帮助,少走弯路。(๑•̀ㅂ•́)و✧

先从hg19开始

为什么要从hg19开始呢?

因为师姐最近让我跑一个ChINN模型(很难读啊家人们),然后我开始艰难地开始跑。里面用到了一个hg19的数据集,需要自己下载。

hg19记录了人类22条染色体和XY性染色体以及M线粒体染色体的一些数据,共3G(这个解释我发现百度不到,还是google到的)。可以从 UCSC Genome Browser Home下载,(UCSE是加利福尼亚大学圣克鲁兹分校,应该是这个学校开发的一个生物信息数据库)。

大家也可以从这个网址直接下载:
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/chromosomes/

image.png

可以看到,可以用ftp下载(我不会用),也可以用rsync命令下载(这个在Linux终端输入就可以了),也可以用wget。

但是,我用linux下载巨慢(2kb/s),我觉得用命令行下载应该是没戏的。(((φ(◎ロ◎;)φ)))

但是网页往下拉,就可以看到所有文件的下载连接:


image.png

于是,我采用了一种邪术——迅雷。我把每一个下载连接都复制,然后到迅雷下载,然后十来分钟就下载完了(●ˇ∀ˇ●)。一共有94个文件,虽然复制的操作烦了点,但是它下的快啊!

对于这种国外的资源,如果没有梯子去下载,那么不妨使用Xun雷,有时候会有奇效,哈哈O(∩_∩)O

下载完了以后,就是很多fa格式的文件(我也不知道是啥,是生信一种常见的数据格式吧)


image.png

然后用命令行gunzip *.gz将所有文件解压。

解压好了以后,就是fa格式的文件拉:


image.png

接着,用命令行cat *.fa > hg19.fa将所有fa文件合并到hg19.fa这个文件中:


image.png

这样,我们就得到hg19.fa这个文件啦!一共3.2G,害挺大的。

这次就先写到这吧,等我跑了模型,有了一些新的感悟以后再来更新。

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