1.软件下载,使用清华镜像源,便于下载,进入清华镜像源anaconda页面:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/,再进入miniconda下载目录https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,由于python2已停止更新,我们选择以python3编写的miniconda3
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
- 安装miniconda3
bash Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
- 遇到Do you accept the license terms? [yes|no]
回车
q键退出阅读license
yes - Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/polya/miniconda3
回车默认 - 不建议通过conda init进行初始化,因为可能会导致conda与系统里的软件相冲突。
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>> no
6.启动conda 环境(由于我们没有conda init,以后每次启动都需要用这个命令)
source ~/miniconda3/bin/activate
- 添加国内镜像,进入清华镜像源anaconda页面
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls true
- 安装软件,以samtools为例
conda install samtools