Ubuntu miniconda3安装与环境配置

1.软件下载,使用清华镜像源,便于下载,进入清华镜像源anaconda页面:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/,再进入miniconda下载目录https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,由于python2已停止更新,我们选择以python3编写的miniconda3

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
  1. 安装miniconda3
bash Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
  1. 遇到Do you accept the license terms? [yes|no]
    回车
    q键退出阅读license
    yes
  2. Miniconda3 will now be installed into this location:
    /home/polya/miniconda3
    回车默认
  3. 不建议通过conda init进行初始化,因为可能会导致conda与系统里的软件相冲突。
    Do you wish the installer to initialize Miniconda3
    by running conda init? [yes|no]
    [no] >>> no
    6.启动conda 环境(由于我们没有conda init,以后每次启动都需要用这个命令)
source ~/miniconda3/bin/activate
  1. 添加国内镜像,进入清华镜像源anaconda页面
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda 
conda config --set show_channel_urls true
  1. 安装软件,以samtools为例
conda install samtools
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