PET-CT是目前相对精准的癌症检查方法，它能对可疑部位进行解剖定位和代谢分析，甚至能发现较为隐匿的细微疾病，因此对肿瘤的早筛以及分级分期都有重要价值，PET/CT的查癌准确率可以达90%甚至以上。
但有部分人在进行PET/CT检查时会出现假阳性，虽然PET/CT检查准确率可高达90%，但并不代表它就完全不会出现假阳性，事实上部分如炎症、结节等情况，其代谢也相当的高，这就可能会出现相似的影像征象，从而造成假阳性的现象。
以18F-FDG PET/CT为例，所使用的脱氧葡萄糖显像剂可聚集到肿瘤附近，进而被扫描到代谢情况，肿瘤区附近可出现密集光亮区，但由于18F-FDG本身并非肿瘤特异性显像剂，一些具有增殖活性的良性病变也可引起18F-FDG异常聚集，如结核病变、肉芽肿性变、炎症病变、结节病变等，若检查者本身存在以上情况，示踪剂也可显示出高浓度的聚集。
因此在进行检查前必须先向医生详细告知过往病史，以及尽可能详尽的提供各种报告资料，以供医生进行判断，而为避免PET/CT诊断假阳性的情况，医生也会进行多级报告审查制度，医生会根据非肿瘤物质在生理分布和生理变异，结合临床诊断，对肿瘤和非肿瘤组织进行初步鉴别诊断，在可疑影像诊断上行二级审查和多医生会诊，以提高诊断准确率。
此外，针对可疑的影像征象，患者还行进一步的检查以明确鉴别是否为癌症，包括CT、磁共振、超声、气管镜检查、病理活检等方法以明确诊断结果。
此外值得注意的是PET/CT并不是全身肿瘤都能检查诊断的，不同的影像检查方法针对不同的病灶会有不同敏感度，如肺部检查和肺癌早筛，选择胸部CT或胸部增强CT会有更高的诊断准确率，而针对肝硬化和肝癌的早筛，普美显MR检查则具有更高的特异性，而对于乳腺癌的筛查啧以乳腺超声和乳腺钼靶甚至是乳腺磁共振三联筛查为优，对于卵巢癌等妇科疾病的筛查啧超声更具有优势。
