- 根据vcf文件提取样本名
bcftools query -l snp.vcf.gz | awk '{ if (NR <= 40) {sp=substr($1,1,3); print $1} else {print $1;}}' > Sample_name.txt
- 使用bcftools concat 合并相同样本不同染色体的vcf
bcftools index Chr1.snp_result.vcf.gz
bcftools index Chr2.snp_result.vcf.gz
bcftools concat *.vcf.final.gz -O z -o all.chr.vcf.gz
bcftools index all.chr.vcf.gz
检查：
#检查合并后vcf的样本名
bcftools query -l all.chr.vcf.gz | awk '{ if (NR <= 40) {sp=substr($1,1,3); print $1} else {print $1;}}' | less
#
bcftools view -c1 Chr1.snp_result.vcf.gz | grep -v -c '^#'
128309
bcftools view -c1 --regions Chr1 all.chr.vcf.gz | grep -v -c '^#'
128309
