写在前面:
来自生信技能树《生信必修课之软件安装》学会用包管理工具安装软件
普通安装和配置，请看这篇Linux下bowtie2安装(非conda)和配置
注意
现在清华镜像源链接已经失效，所以下面的有些内容不适用，但道理一样。请看conda清华镜像源失效后的软件安装
正式开始
查看变量
echo $PATH
用户配置文件
~ /.bshrc
-启动环境:source activate
-添加镜像源：conda config -add conda config --show
-查看已有环境：conda env -info
-搜索：conda search
-创建新环境:conda create -n env_name -prefix python=2 bwa
-删除环境：conda remove -n env_name -all
一 安装miniconda
清华园镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/#
获取下载链接-应用软件-miniconda3（linux 64）
复制地址
mkdir src
cd src
~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
~/src$ bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
配置conda环境
先启动conda环境
source ~/miniconda3/bin/activate
conda search bwa
结果搜索不到，需要添加channels
添加频道
去清华镜像源，anaconda小问号打开
复制以下命令
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
回到linux粘贴
另外再添加第三方频道
下面这个一定添加
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
接下来安装bioconda频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
用vim进行查看
vim ~/.condarc
二 学习conda基本操作的管理环境
-搜索bwa进行安装（注意是在conda环境下（base））
conda search bwa
结果可以发现有很多bwa version可以安装，我们用以下命令安装(y代表yes）
conda install bwa -y
下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等
可以进行搜索，比如samtools，可以看到其很多版本，目前最高1.9（7/24/2018 4:23:35 PM ）
返回command line
conda install samtools=1.9 -y
再安装一次1.8，看conda如何处理不同的版本。
conda install samtools=1.8 -y
直接降级处理，并没有像windows一样卸载再重装
体验下环境的区别
echo $PATH
/home/kelly/miniconda3/bin:/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:
当前的环境是miniconda3环境，下面这个命令就是启动这个环境
source ~/miniconda3/bin/activate
现在退出miniconda3环境看，还能不能运行bwa和samtools
source deactivate
可以发现bwa不能运行了
再次查看环境变量
echo $PATH
/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:/usr/local/sbin:
可以发现，环境变量里没有miniconda3环境了。那如何执行呢，有两种方式
1手动输入路径
~/miniconda3/bin/bwa
2每次手动输入比较麻烦，可以通过添加软链接方式执行，再看下环境变量
echo $PATH
/home/kelly/bin:/home/kelly/.local/bin:
把bwa软链接到/.local/bin下
mkdir -p ~/.local/bin
ln -s ~/miniconda3/bin/bwa ~/.local/bin
现在再执行bwa命令就可以了，同理可以进行samtools的软链接
ln -s ~/miniconda3/bin/samtools ~/.local/bin
三 管理环境变量 安装python2环境
启动minicon3环境
source ~/miniconda3/bin/activate
#查看conda环境#
conda info --envs
可以看到只有miniconda3，但是有些软件比如macs2是在python2环境
conda重新建立一个python2环境
conda create -n python2 python=2
这样可以安装python2环境，会装上新的依赖包，创建新python2环境
安装完成后，会提示如何启动python2环境
conda activate python2
或者用
source activate python2
可以安装macs2软件了
conda install macs2
可以查看环境变量看是否安装好了python2环境
echo $PATH
/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin:/home/kelly/miniconda3/bin:
可以看出Python2环境已经存在
macs2
which macs2
/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin/macs2
注意，当前Python2环境可以执行macs2，但是一旦退出环境就不能用了
source deactivate#退出python2
source deactivate#退出base
现在macs2无法使用，解决方式和上面的bwa一样
第一，通过实际路径执行
~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2
第二，软链接ln
ln -s ~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2 ~/.local/bin/
以上两种都可以执行macs2
另外，进入python3环境
source ~/miniconda3/bin/activate
也可以执行macs2
通过vim可知，
vim ~/.local/bin/macs2
!/home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin/python
如何删除环境
conda remove -n python2 --all
或者
rm -rf ~/miniconda3/envs/python2/
总结 conda安装小技巧
-1 根据软件所用的编程语言确定安装策略
-2 安装conda不要添加到环境变量中，用source activate启动
-3 官方的channel靠后，避免channel之间依赖关系混乱
-4 新建一个或多个安装环境安装生信软件
-5 国内用户利用好清华源镜像
-6 搜索生信软件用https://bioconda.github.io/
三 用conda安装转录组分析软件
-hisat2 samtools sratoolkit
-htseq-count
-fastqc trimmomatics
生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件，具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html
python3环境（base）
conda install fastqc trimmomatic（conda可以同时指定两个软件安装）
biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件
注意要在python2环境下安装htseq，先启动python2环境
source activate python2
conda install htseq(/一定注意不能再当前环境python3安装，要启动python2环境！我不小心按了y，在python3安装完成了，然后用conda install htseq卸载）
conda install htseq -y
启动htseq-count
htseq-count
继续搜索hisat2
回到python3环境安装（base）
source deactivate
conda install hisat2
conda install hisat2 sra-tools -y #注意原视频这里有点小错误，应该是sra-tools，不是sratoolskit
