TCGA数据下载方法简介

TCGA数据，指癌症测序数据，TCGA的全称为The Cancer Genome Atlas,癌症基因组图谱（TCGA）是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位，多三维地图之间的合作的TCGA数据集，其包含基因组数据的两个以上的PB的，已取得公开可用，以及该基因组信息有助于癌症研究界，提高预防，诊断，和治疗癌症。

自从2016年6月份去西安第四军医大学上了肿瘤培训的暑期学校，对TCGA数据的研究变开始了。莫名的觉得在这个领域可以做很多工作，贡献很多的力量。哈哈，TCGA数据蕴藏很多宝。

下面开始对TCGA数据的下载做介绍。对基因表达数据，可用于下载的是level 3 的，在官网http://cancergenome.nih.gov/ 已经不提供直接下载方式，目前见的多的是用API或data-transfer-tool，可惜两个我都不会。我想我只会R语言，应该高手开发出了类似的包来供科研者使用吧，果不其然，发现了好几个可以下载TCG的A数据的包。这些包我都做过实验，有些下载效果很好，有些下载不稳定，其中缘故不清，也许我的网络环境不好也是有可能的，现把我了解的都分享出来，其中好坏效果，当由你来实验判断。

TCGA2STAT

官网：
https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/

下载方式：

install.packages("TCGA2STAT")

帮助文档：
https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/TCGA2STAT.pdf

TCGAbiolinks

官网：
https://bioc.ism.ac.jp/packages/3.2/bioc/html/TCGAbiolinks.html

下载方式：

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R")
biocLite("TCGAbiolinks")

帮助文档：
https://bioc.ism.ac.jp/packages/3.2/bioc/manuals/TCGAbiolinks/man/TCGAbiolinks.pdf

RTCGA

官网：
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RTCGA.html

下载方式：

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RTCGA")

帮助文档：
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/RTCGA/man/RTCGA.pdf

RTCGAToolbox

官网：
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RTCGAToolbox.html

帮助文档：
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/RTCGAToolbox/man/RTCGAToolbox.pdf

下载方式：

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RTCGAToolbox")

这里仅仅对这四种下载方式做简单的介绍，提供了已知的较为好的方式。下次将这对四种方法做详细全面的介绍，以保证对想下载的任何数据都能得心应手。做好科研，多看文章，多做实验啦！

本期完结！

TCGA数据下载方法简介

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