写在前面
记录一下自己搜索的有用的回答，不定期更新。
1.包涵体的介绍
https://zhuanlan.zhihu.com/p/266976778
2.蛋白质常用去垢剂介绍
https://zhuanlan.zhihu.com/p/337580691
https://zhuanlan.zhihu.com/p/364789453
http://jushengwu.com/zs-1/
3.蛋白质和配体模拟的网站
https://zhuanlan.zhihu.com/p/367504054
4.文献给的蛋白质和配体模拟网站
https://proteins.plus/#dogsite
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
https://zhanggroup.org/COACH/
5.配体小分子网站
https://zinc.docking.org/
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ #这个仿佛只能用教育网络才能登上去
6.建模网站
http://www.swissdock.ch/docking# #文献里说它可以，但是我用非教育网络楞是无法上传PDB文件
7.O-glycosylated prediction
https://services.healthtech.dtu.dk/ #宝藏网站，不止可以用来做糖基化分析
8.zotero+坚果云管理你的文献
https://zhuanlan.zhihu.com/p/112795057
9.分子对接
https://zhuanlan.zhihu.com/p/450241084
10.Autophagy
https://zhuanlan.zhihu.com/p/387796454
11.MaizeGDB 网页版ID转换
data centers-- gene/gene models--[Translate Gene Model IDs]
(https://www.maizegdb.org/gene_center/gene#translate)
这样就可以完成不同格式ID的转换，还可以自己本地做个list，直接grep一下，后面如果有空了可以尝试搞一下，或者是被网页工具搞爆炸了。
12.在interpro中使用pfam工具库
pfam被interpro给收购了，但是基于HMM的基因家族蛋白提取还是需要pfam的，尝试了一下可以这样做。
登录interpro-download-选择pfam data HMM，将压缩文件下载到本地，使用txt打开，然后根据你的结构域的关键字，去搜索相应的pfam ID，然后到Browse-my protein-pfam，输入pfam ID就可以，一般是PFXXXX。如果有重名现象，可以根据基因描述来排除。https://www.jianshu.com/p/48716fa7321b
13.蛋白质组学的差异分析
https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/541/
https://www.jianshu.com/p/f009bea514af
https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/13337826.html
https://www.jianshu.com/p/cfcff6fc19bb
https://blog.csdn.net/qq_41421861/article/details/104686557
https://cloud.tencent.com/developer/article/1435246
14.绘制基因在物种的保守性
https://mp.weixin.qq.com/s/_9grMsRUx-KTLYRQxr1AsA
https://www.jianshu.com/p/d2347bd0afbb
15.在线计算蛋白质的等电点PI
1.https://web.expasy.org/compute_pi/
2.https://www.novopro.cn/tools/protein_iep.html
蛋白质等电点的应用：
蛋白质在溶液中有两性电离现象。假设某一溶液中含有一种蛋白质。当pI=pH时该蛋白质极性基团解离的正负离子数相等，净电荷为0，此时的该溶液的是pH值是该蛋白质的pI值。某一蛋白质的pI大小是特定的，与该蛋白质结构有关，而与环境pH无关。
在某一pH溶液中当pH>pI时该蛋白质带负电荷，反之pH<pI时该蛋白质带正电荷，pH=pI时该蛋白质不带电荷。人体内pH=7.4；而体内大部分蛋白质的 pI<6； 所以人体内大部分蛋白质带负电荷。
在等电点时，蛋白质分子以两性离子形式存在，其分子净电荷为零(即正负电荷相等)，此时蛋白质分子颗粒在溶液中因没有相同电荷的相互排斥，分子相互之间的作用力减弱，其颗粒极易碰撞、凝聚而产生沉淀，所以蛋白质在等电点时，其溶解度最小，最易形成沉淀物。等电点时的许多物理性质如黏度、膨胀性、渗透压等都变小，从而有利于悬浮液的过滤。在等电点外的所有其他pH值，依据蛋白质所带净电荷采用电泳和离子交换层析来分离和分离纯化该蛋白质。
等电点沉淀主要应用于蛋白质等两性电解质的分离提纯，还可应用于大豆异黄酮的分离：用等电点沉淀法脱去蛋白质，可提高异黄酮制品的纯度，异黄酮截留率为7.2%，蛋白质截留率为91.1%。
16.milipore超滤管的选择
https://zhuanlan.zhihu.com/p/398909204
17.植物免疫领域点评
https://ibook.antpedia.com/x/754565.html
18.蛋白亚细胞定位预测
WoLF PSORT比TargetP功能要全一些。
TargetP：TargetP 是一个预测蛋白质亚细胞定位的工具，能够预测是否存在信号肽，并指出该蛋白质的目标位置（例如，是否定位到内质网、线粒体或其他细胞区室）。
WoLF PSORT：这是一个广泛用于蛋白质亚细胞定位的在线工具，能够帮助预测信号肽是否指向细胞膜、内质网或其他分泌路径。 网址：https://wolfpsort.hgc.jp/
19.多重序列比较作图，添加三维结构，参考柴..
https://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
https://zhuanlan.zhihu.com/p/628129368
