流程参考:https://cloud.tencent.com/developer/article/1054975
http://www.biotrainee.com/jmzeng/html_report/d/e/e/p/i/n/SmallRNA_result/index.html
总结,基因组组比对,其他数据库比对(去除tRNA, rRNA, snoRNA,), 留下miRNA 和miRNA 数据库比对,最后剩下的就是siRNA。 这是比对,比对完,就是后面表达分析,靶基因预测。。。
这个比对,除了和基因组比对外,其他都好麻烦。。。超过了我这个初级水平。
所以,我决定先按照简单的来。先往下走。。。。嗯,先这样。明天比对,和基因组。
miRNA :ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/
t RNA 数据库 :GtRNAdb 链接:http://gtrnadb2009.ucsc.edu/download.html
rRNA 数据库:silva 链接:https://www.arb-silva.de/no_cache/download/archive/release_132/Exports/
snoRNA 数据库:http://lowelab.ucsc.edu/snoRNAdb/Annotations-eukaryotes.html
下面的废掉
网站总结:https://www.researchgate.net/post/Which_are_the_bioinformatics_databases_of_snoRNA_and_snRNA
http://www.scri.sari.ac.uk/plant_snoRNA/ ///////https://www.hsls.pitt.edu/obrc/index.php?page=URL1100789250
https://www.hsls.pitt.edu/obrc/index.php?page=URL1100789250
数据库比对:https://www.jianshu.com/p/1cf669cbc7d8
Rfam 的使用。。。。
半天还是没研究太明白 http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxhu.html
我决定,明天先比对再说。