最近做了三代测序（ONT），用于检测特定区段是否存在大片段的插入缺失，整个流程主要用到了minimap2和delly。
第一步：使用minimap2进行比对
Minimap2 速度非常快，而且用法简单，比对结果比较不错，可谓是三代序列处理一大利器。主要的缺点就是耗内存，是牺牲内存换速度
1.1 用conda安装minimap2
conda install -c bioconda minimap2
1.2 对Ref建立比对索引文件
minimap2 ref.fa -d ref.fa.min
#对参考基因组建立索引文件
1.3 利用minimap2将三代测序数据比对到参考基因组
#通过管道直接获得排序后的bam比对文件
minimap2 -ax map-ont -t 20 -R '@RG\tID:sample\tPL:illumina\tSM:sample' ref.fa.min ont.fq.gz 2>minimap.log | samtools sort -@ 4 >sample.sorted.bam
第二步：使用delly查找变异
2.1 目前delly已经更新到V1.1.6，支持三代长序列比对。建议用conda，因为该软件需要很多依赖包(用其中一种方法即可)
conda install -c bioconda delly
conda install -c "bioconda/label/cf201901" delly
2.2 对比对的bam文件和参考基因组建立index文件
samtools index sample.sorted.bam
samtools faidx ref.fa
2.3 利用delly比对，并将bcf文件转化为vcf文件，后续可接IGV进行变异查看
delly lr -y ont -o delly.bcf -g ref.fa input.bam
-y ont/pb （不同测序平台）
bcftools view delly.bcf > delly.vcf
