滴滴滴~~~第三天打卡 (￣︶￣)
今天的主要内容是学会在linux环境下安装软件
准备工作
- 检查有没有bzip2软件
输入bzip2，查看有无此软件，没有的话安装一个。
软件管理Miniconda
相当于App store
- 下载
- 浏览器搜索“miniconda”网站，复制python3.6对应的版本下载链接；
- 代码输入 wget 和链接，回车下载：
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 下载完成后安装： bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ，按提示操作，有需要的地方输入yes；
- 激活conda：source ~/.bashrc
- 测试是否安装成功：输入conda会出现参数等信息，说明成功；
-
添加国内镜像
复制粘贴输入以下代码
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes - 使用conda
- 查看当前所有软件列表，命令： conda list
- 搜索软件命令： conda search 软件名
例fastqc ： conda search fastqc - 安装软件，命令： conda install fastqc -y
参数 -y 是自动安装
可安装指定版本，默认安装最新版本 - 卸载软件，命令： conda remove fastqc -y
- conda环境
-
查看当前conda有哪些环境，命令：conda info --envs
前面带*的就是默认的
image.png 新建立conda环境，然后指定python版本是3：
conda create -n rna-seq python=3激活新的conda环境：
source activate rna-seq
这时默认的*就会转移到rna-seq前面，用户名root前面出现了(rna-seq)；安装软件fastqc、trimmomatic，可以和建立环境一起进行：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y卸载某环境中的软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y卸载环境（全部卸载）
conda remove -n rna-seq --all退出当前环境
source deactivate
注意啦：卸载环境的时候，需要先退出当前环境！
