解析本题主要考查税款的补证与纳税争议
根据《税收征收管理法》第5条规定，国务院税务主管部门主管全国税收征收管理工作。各地国家税务局和地方税务局应当按照国务院规定的税收征收管理范围分别进行征收管理。地方各级人民政府应当依法加强对本行政区域内税收征收管理工作的领导或者协调，支持税务机关依法执行职务，依照法定税率计算税额，依法征收税款。各有关部门和单位应当支持、协助税务机关依法执行职务。税务机关依法执行职务，任何单位和个人不得阻挠。
由此可知，县地税局有权按照国务院规定的税收征收管理范围进行征收管理，具有独立执法主体资格，故A项正确。
根据《税收征收管理法》第35条第1款规定，纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：（1）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；（2）依照法律、行政法规的规定应当设置账簿但未设置的；（3）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（4）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；（5）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；（6）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
本题中，纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的，税务机关有权核定其应纳税额，前后两个条件必须同时具备，并非申报的房产拍卖价格明显偏低，税务机关就可以直接核定，故B项错误。
根据《税收征收管理法》第32条规定，纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
经查，该公司所涉拍卖行为合法有效，按成交价向税务部门缴纳了相关税款，并取得了完税凭证，不存在逃税、抗税、骗税等行为，故加收滞纳金行为违法，故C项正确。
根据《税收征收管理法》第88条规定，纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。当事人对税务机关的处罚决定逾期不申请行政复议也不向人民法院起诉、又不履行的，作出处罚决定的税务机关可以采取本法第四十条规定的强制执行措施，或者申请人民法院强制执行。
总结要点为：
1.纳税争议，即对于是否纳税、缴纳的税款金额有争议的，其处理原则是：
（1）由纳税人先缴纳税款及滞纳金或提供相应的担保；
（2）向上一级税务机关申请行政复议；
（3）对该行政复议不服的，才能向法院起诉。
注意：未经复议，法院不予受理诉讼；未经纳税或解缴税款，又不提供担保的，税务机关不受理复议申请。
2.处罚争议，即对税务机关的处罚决定、强制执行措施、税收保全措施不服的。
处理原则是：或复议，或起诉。即当事人可以选择行政复议或者选择向法院起诉。
本题针对的是纳税争议，必须经过复议这个前置程序，对复议决定不服的，才能提起行政诉讼，故D项正确。
综上所述，本题正确答案为A、C、D。
