TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

mRNA可以翻译成各种功能的蛋白,其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热,即转录因子transcription factor, 简称TF,TF参与调控转录起始过程,是研究转录调控必不可少的一环。miRNA可以与mRNA结合,发挥转录后调控功能, 二者都是生物体内调控网络中的重要组成部分。

对于生物体内的调控关系,研究的比较多的是TF-mRNA, miRNA-mRNA之间的调控。TF其实也是可以调控miRNA的转录过程的,而TransmiR就是一个从文献中整理得到的转录因子和miRNA之间调控关系的数据库,网址如下

http://www.cuilab.cn/transmir

在该数据库中,将支持Tf-miRNA的证据分成了以下3类

  1. level1

  2. level2

  3. literature


各个层次证据的数据量统计如下

该数据库覆盖了多个物种中的TF-miRNA信息,各物种对应的数据量如下所示

通过官网的Search功能,可以根据miRNA或者TF进行检索,示意如下

点击对应的TFmiRNA, 可以查看详细信息,miRNA示意如下

该数据库与HMDD是同一个团队开发的,所以在该数据中集成了miRNA相关的疾病信息。

通过Network功能,可以查看TF-miRNA调控关系的网络图,如下所示


官网还提供了predict功能,用于预测指定的TF和miRNA之间的调控关系,示意如下

根据TF对应的motif信息,查找潜在结合位点附近的miRNA。

该数据库的信息是可以免费下载的,通过该数据库,可以方便的研究TF-miRNA的调控关系。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—


扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!



©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,445评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,889评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,047评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,760评论 1 276
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,745评论 5 367
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,638评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,011评论 3 398
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,669评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,923评论 1 299
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,655评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,740评论 1 330
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,406评论 4 320
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,995评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,961评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,197评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,023评论 2 350
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,483评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容

  • 转自iProteome,略有修改,作者:项杭,翻译自2018年 CELL文章The Human Transcrip...
    土豆学生信阅读 36,515评论 0 67
  • 谁规定名字昵称一定要有意义,不改了,灵光乍现的东西,代称而已。 注册新的软件,设置昵称,每次都会头疼一阵,修改一阵...
    意大利歌剧阅读 204评论 0 0
  • 一场凉风吹走了夏日,吹落了片片稀疏绿叶,吹来了一抹萧瑟与寂冷。恍惚昨日还是艳阳高照、炙热难耐,今天却风清云淡、气爽...
    轻婉飞扬阅读 1,322评论 4 11
  • 看着窗外无边落木萧萧下,突然间就感觉到了时光匆匆。于是就佩服起创造“时光”这个词的人来。时光,时间如光速一样,...
    蝶化文澜阅读 442评论 0 2